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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » BEAST软件计算分化时间求助！
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wyysunshine

木虫 (知名作家)

[求助] BEAST软件计算分化时间求助！

用BEAST软件计算物种分化时间，看了两天教程，遇到几个问题，打滚求助！cry:
1 NEXUS文件设置
#NEXUS
begin data;
dimensions ntax=148 nchar=646;
format datatype=DNA missing=? gap=-;
format datatype=DNA interleave=no gap=-;
这两种设置有差别吗？我用后一种设置的时候，文件就无法导入BEAUti了，并显示如第1张图所示。

是否需要定义序列区段分割（这个是例子里显示的）？如果需要，依据什么进行分割？
begin assumptions;
charset firsthalf = 1-449;
charset secondhalf = 450-898;
end;
end;

2 Taxon sets
是不是设置一个ingroup和一个outgroup就可以了，都设置成mono？

3 Priors参数
我按照教程来看，不同的例子各种参数设置也不一样。请问我这个设置是否有问题，各种参数设置的标准是什么？不同的教程也存在差异，把我弄懵了。
另外可能由于软件版本的原因，我的设置里面都有一项initial，这个也不知道该是多少？还有一个无穷大的符号，也不知道该怎么加进去。。第2张图。

第3张图是教程的例子。


BEAST软件计算分化时间求助！
错误.png


BEAST软件计算分化时间求助！-1
priors参数.jpg


BEAST软件计算分化时间求助！-2
例子.png
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顺其自然~~
1楼 2015-12-28 01:32:04
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童话人

木虫 (小有名气)
跪求楼主发一份教程啊 邮箱：zgongz@163.com
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I exist only in my world.
2楼2017-02-27 17:46:58
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wyyiscute

新虫 (初入文坛)
树画好之后下面可以显示具体年份而不是年份距离么？

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3楼2017-02-28 15:16:10
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llyy119

新虫 (初入文坛)
求教程一份lyykfeng@126.com。谢谢！
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4楼2017-05-14 13:08:56
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chenyuqi9494

新虫 (初入文坛)
跪求一份教程！万分感谢！chenyuqi1994@yeah.net
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5楼2017-06-05 16:27:42
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戒空的小沙弥

新虫 (初入文坛)
能发我一份教程吗，wangqiuya123@outlook.com,谢谢！

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6楼2017-10-16 16:46:07
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ticktickcai

新虫 (小有名气)
啊，师姐，我现在在学这个软件，有问题想问，我的是一到BEAST运行，它就显示让我换another seed，这个该怎么解决啊

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7楼2020-05-19 11:58:30
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