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赵红霞铁杆木虫 (著名写手)
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聚合物的pdb文件生成psf文件用于NAMD动力学计算已有1人参与
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想用全原子做聚合物（聚电解质）在溶液里的构象，因为体系大，materials studio算起来慢，想在NAMD里算。在生成psf文件时遇到问题，请各位支招。 1. 先在materials studio构建好了聚合物分子，导出为pdb格式。 2. 下一步生成psf文件，不知道哪种方法好用，我暂且先选择在VMD里借助psfgen转化。pgn文件如下： package require psfgen topology par_all27_prot_lipid_na.inp segment U {pdb PCE1_period30nm11.pdb} coordpdb PCE1_period30nm11.pdb U guesscoord writepdb PCE1_period30nm11.pdb writepsf PCE1_period30nm11.psf 问题来了，因为charmm或者amber力场主要针对蛋白和核酸体系，里面规定了标准的残基名，根据残基来规定残基里每个原子的力场参数。 我的polymer的残基名无法识别。请问如何解决？ PS：虽然charmm或者amber力场主要针对蛋白和核酸体系，但是我看到文献里仍然有人拿它们做别的polymer。那么psf如何生成呢？ |
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7楼2023-02-06 20:27:49
赵红霞
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3楼2015-12-18 01:35:44
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4楼2015-12-18 07:29:07