| 查看: 2123 | 回复: 6 | ||||
赵红霞铁杆木虫 (著名写手)
|
[求助]
聚合物的pdb文件生成psf文件用于NAMD动力学计算 已有1人参与
|
|
想用全原子做聚合物（聚电解质）在溶液里的构象，因为体系大，materials studio算起来慢，想在NAMD里算。在生成psf文件时遇到问题，请各位支招。 1. 先在materials studio构建好了聚合物分子，导出为pdb格式。 2. 下一步生成psf文件，不知道哪种方法好用，我暂且先选择在VMD里借助psfgen转化。pgn文件如下： package require psfgen topology par_all27_prot_lipid_na.inp segment U {pdb PCE1_period30nm11.pdb} coordpdb PCE1_period30nm11.pdb U guesscoord writepdb PCE1_period30nm11.pdb writepsf PCE1_period30nm11.psf 问题来了，因为charmm或者amber力场主要针对蛋白和核酸体系，里面规定了标准的残基名，根据残基来规定残基里每个原子的力场参数。 我的polymer的残基名无法识别。请问如何解决？ PS：虽然charmm或者amber力场主要针对蛋白和核酸体系，但是我看到文献里仍然有人拿它们做别的polymer。那么psf如何生成呢？ |
回复此楼» 猜你喜欢
考研调剂
已经有4人回复
-
281求调剂
已经有4人回复
-
0805 316求调剂
已经有6人回复
-
085601求调剂总分293英一数二
已经有3人回复
-
08工学调剂
已经有17人回复
-
340求调剂
已经有4人回复
-
311求调剂
已经有3人回复
-
食品专硕 一志愿双一流 328
已经有4人回复
-
材料调剂
已经有6人回复
-
300分，材料，求调剂，英一数二
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 73 (初中生)
- 金币: 6197.9
- 散金: 141
- 红花: 33
- 帖子: 1541
- 在线: 700小时
- 虫号: 1544094
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
2楼2015-12-17 22:57:38
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
3楼2015-12-18 01:35:44
赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 73 (初中生)
- 金币: 6197.9
- 散金: 141
- 红花: 33
- 帖子: 1541
- 在线: 700小时
- 虫号: 1544094
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
4楼2015-12-18 07:29:07
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
|
我不太明白你的意思。lammps里当然可以用charmm力场。可是你的体系里分子的类型如果和charmm力场不匹配，你怎么调用charmm力场参数来做模拟? 我不清楚你是怎么生成lammps输入文件的。如果是用charmm力场，一般通过charmm2lammps.pl这个脚本来生成输入文件。即便使用这个脚本，你也需要charmm格式的topology和parameter文件，以及psf文件。如果你的pdb文件里原子类型和charmm力场topology文件里的原子类型根本不匹配，是根本不可能生成输入文件的。 你现在的问题就是，你pdb文件里原子的类型和charmm力场的topology里原子还有分子类型不匹配，所以无法生成psf文件。 首先，你要搞清楚你要用什么力场，如果你要用charmm力场，那就把你的pdb文件里原子类型改成charmm的原子类型。 其次，你要确定charmm的topology文件里是否有你想模拟的分子。如果没有，你应该参照charmm topology文件的格式，自己建一个新的topology文件，文件中应该包含你要模拟的高分子的原子质量，成键，键角，二面角等信息。并注意topology文件里的原子名和residue name与你的pdb文件相匹配。至于有没有脚本可以自动生成topology文件，我不太清楚，请自行查找。 |
5楼2015-12-18 08:57:34
赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 73 (初中生)
- 金币: 6197.9
- 散金: 141
- 红花: 33
- 帖子: 1541
- 在线: 700小时
- 虫号: 1544094
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
6楼2015-12-18 20:08:48
7楼2023-02-06 20:27:49
