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赵红霞铁杆木虫 (著名写手)
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聚合物的pdb文件生成psf文件用于NAMD动力学计算 已有1人参与
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想用全原子做聚合物（聚电解质）在溶液里的构象，因为体系大，materials studio算起来慢，想在NAMD里算。在生成psf文件时遇到问题，请各位支招。 1. 先在materials studio构建好了聚合物分子，导出为pdb格式。 2. 下一步生成psf文件，不知道哪种方法好用，我暂且先选择在VMD里借助psfgen转化。pgn文件如下： package require psfgen topology par_all27_prot_lipid_na.inp segment U {pdb PCE1_period30nm11.pdb} coordpdb PCE1_period30nm11.pdb U guesscoord writepdb PCE1_period30nm11.pdb writepsf PCE1_period30nm11.psf 问题来了，因为charmm或者amber力场主要针对蛋白和核酸体系，里面规定了标准的残基名，根据残基来规定残基里每个原子的力场参数。 我的polymer的残基名无法识别。请问如何解决？ PS：虽然charmm或者amber力场主要针对蛋白和核酸体系，但是我看到文献里仍然有人拿它们做别的polymer。那么psf如何生成呢？ |
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4楼2015-12-18 07:29:07
赵红霞
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我不太明白你的意思。lammps里当然可以用charmm力场。可是你的体系里分子的类型如果和charmm力场不匹配，你怎么调用charmm力场参数来做模拟? 我不清楚你是怎么生成lammps输入文件的。如果是用charmm力场，一般通过charmm2lammps.pl这个脚本来生成输入文件。即便使用这个脚本，你也需要charmm格式的topology和parameter文件，以及psf文件。如果你的pdb文件里原子类型和charmm力场topology文件里的原子类型根本不匹配，是根本不可能生成输入文件的。 你现在的问题就是，你pdb文件里原子的类型和charmm力场的topology里原子还有分子类型不匹配，所以无法生成psf文件。 首先，你要搞清楚你要用什么力场，如果你要用charmm力场，那就把你的pdb文件里原子类型改成charmm的原子类型。 其次，你要确定charmm的topology文件里是否有你想模拟的分子。如果没有，你应该参照charmm topology文件的格式，自己建一个新的topology文件，文件中应该包含你要模拟的高分子的原子质量，成键，键角，二面角等信息。并注意topology文件里的原子名和residue name与你的pdb文件相匹配。至于有没有脚本可以自动生成topology文件，我不太清楚，请自行查找。 |
5楼2015-12-18 08:57:34
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