24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1149  |  回复: 3
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] gromacs如何实现一个结构的整体平动,而内部各原子之间距离保持不变? 已有2人参与

蒙脱石层,有40个原子,原子间没有键作用,只有非键作用力。如何实现这些原子作为一个整体,可以沿Z方向整体平动(即所有原子都只能沿Z方向移动一样的距离),这样可以保证蒙脱石层的结构不变。只是在空间整体平动。应该用restraint/constraint或者别的处理方法?求教解决办法。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by fangsteel at 2015-12-27 15:42:09
构型还是跑md的时候,如果是构型,直接用editconf命令,如果是跑md时候,可能得加约束了

谢谢。有没有更具体些的建议呢,不加约束可以实现吗
4楼2015-12-27 16:23:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

zzybjr

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

用vmd吧,它可以实现

发自小木虫Android客户端
2楼2015-12-22 16:23:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

构型还是跑md的时候,如果是构型,直接用editconf命令,如果是跑md时候,可能得加约束了
gromacs
3楼2015-12-27 15:42:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿 南京航空航天大学 ,080500材料科学与工程学硕 +4 @taotao 2026-03-30 4/200 2026-03-31 04:04 by zhyzzh
[考研] 370求调剂 +3 080700调剂 2026-03-30 3/150 2026-03-31 01:09 by A_Zhe
[考研] 生物考研337分求调剂 +3 cgxin 2026-03-30 4/200 2026-03-30 23:00 by Evan_Liu
[考研] 279求调剂 +12 j的立方 2026-03-29 12/600 2026-03-30 20:30 by dick_runner
[考研] 一志愿华中师范化学332分求调剂 +3 Lyy930824@ 2026-03-29 3/150 2026-03-30 20:15 by DHUSHUAI
[考研] 一志愿哈尔滨工业大学材料与化工方向336分 +12 辰沐5211314 2026-03-26 12/600 2026-03-30 19:28 by Wang200018
[考研] 289求调剂 +16 新时代材料 2026-03-27 16/800 2026-03-30 19:04 by Wang200018
[考研] 0703一志愿9,初试成绩:338,四六级已过,有科研经历,求调剂! +7 Zuhui0306 2026-03-25 7/350 2026-03-30 19:01 by 源_2020
[考研] 322求调剂 +10 宋明欣 2026-03-27 10/500 2026-03-30 18:47 by 544594351
[考研] 085701求调剂初试286分 +5 secret0328 2026-03-28 5/250 2026-03-30 12:54 by fangnagu
[考研] 化学工程085602 305分求调剂 +25 RichLi_ 2026-03-25 25/1250 2026-03-30 11:02 by klasasda
[考研] 352分-085602-一志愿985 +5 海纳百川Ly 2026-03-29 5/250 2026-03-29 09:57 by Sjndkwm
[考研] 本科双非材料,跨考一志愿华电085801电气,283求调剂,任何专业都可以 +6 芝士雪baoo 2026-03-28 8/400 2026-03-29 08:16 by 松花缸1201
[考研] 320分,材料与化工专业,求调剂 +9 一定上岸aaa 2026-03-27 13/650 2026-03-28 15:00 by 神马都不懂
[考研] 085405 考的11408求各位老师带走 +3 Qiu学ing 2026-03-28 3/150 2026-03-28 09:19 by 乐呵呵的追梦人
[考研] 085601 材料工程 313分 求调剂 +5 Ong3 2026-03-27 5/250 2026-03-27 12:24 by goldfish51
[考研] 一志愿吉大071010,316分求调剂 +3 xgbiknn 2026-03-27 3/150 2026-03-27 10:36 by guoweigw
[考研] 085601求调剂总分293英一数二 +4 钢铁大炮 2026-03-24 4/200 2026-03-26 16:28 by dick_runner
[考研] 求调剂 +3 李李不服输 2026-03-25 3/150 2026-03-25 13:03 by cmz0325
[考研] 285求调剂 +3 AZMK 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:23 by userper
信息提示
请填处理意见