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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs如何实现一个结构的整体平动，而内部各原子之间距离保持不变？
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] gromacs如何实现一个结构的整体平动，而内部各原子之间距离保持不变？ 已有2人参与

蒙脱石层，有40个原子，原子间没有键作用，只有非键作用力。如何实现这些原子作为一个整体，可以沿Z方向整体平动（即所有原子都只能沿Z方向移动一样的距离），这样可以保证蒙脱石层的结构不变。只是在空间整体平动。应该用restraint/constraint或者别的处理方法？求教解决办法。
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1楼 2015-12-10 23:13:15
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zzybjr

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

用vmd吧，它可以实现

发自小木虫Android客户端
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2楼2015-12-22 16:23:51
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

构型还是跑md的时候，如果是构型，直接用editconf命令，如果是跑md时候，可能得加约束了
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gromacs
3楼2015-12-27 15:42:09
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fangsteel at 2015-12-27 15:42:09
构型还是跑md的时候，如果是构型，直接用editconf命令，如果是跑md时候，可能得加约束了

谢谢。有没有更具体些的建议呢，不加约束可以实现吗
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4楼2015-12-27 16:23:26
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