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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] gromacs如何实现一个结构的整体平动,而内部各原子之间距离保持不变? 已有2人参与

蒙脱石层,有40个原子,原子间没有键作用,只有非键作用力。如何实现这些原子作为一个整体,可以沿Z方向整体平动(即所有原子都只能沿Z方向移动一样的距离),这样可以保证蒙脱石层的结构不变。只是在空间整体平动。应该用restraint/constraint或者别的处理方法?求教解决办法。
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zzybjr

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

用vmd吧,它可以实现

发自小木虫Android客户端
2楼2015-12-22 16:23:51
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

构型还是跑md的时候,如果是构型,直接用editconf命令,如果是跑md时候,可能得加约束了
gromacs
3楼2015-12-27 15:42:09
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by fangsteel at 2015-12-27 15:42:09
构型还是跑md的时候,如果是构型,直接用editconf命令,如果是跑md时候,可能得加约束了

谢谢。有没有更具体些的建议呢,不加约束可以实现吗
4楼2015-12-27 16:23:26
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