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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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magicdalang

新虫 (小有名气)

[求助] 请amber用户帮小弟转换一下pdb文件成为amber的top文件和crd文件 已有1人参与

小弟一般用NAMD做charmm力场的计算,对amber不是很懂,现在有一个已经溶剂化了的体系,pdb文件如下,请帮帮忙得到amber格式的crd和top文件,我用NAMD计算自由能,谢谢啦
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  • 2015-12-10 22:03:01, 409.39 K

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magicdalang

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lmt921108 at 2015-12-11 20:47:14
你如果要用amber力场的话,就先不要溶剂化,将原始的pdb导入amber,用amber参数来溶剂化。

嗯嗯,后面把水删除了

发自小木虫Android客户端
3楼2015-12-13 02:12:08
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lmt921108

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你如果要用amber力场的话,就先不要溶剂化,将原始的pdb导入amber,用amber参数来溶剂化。
2楼2015-12-11 20:47:14
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smutao

禁虫 (著名写手)

本帖内容被屏蔽

4楼2015-12-13 08:05:26
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