24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1110  |  回复: 3

magicdalang

新虫 (小有名气)

[求助] 请amber用户帮小弟转换一下pdb文件成为amber的top文件和crd文件 已有1人参与

小弟一般用NAMD做charmm力场的计算,对amber不是很懂,现在有一个已经溶剂化了的体系,pdb文件如下,请帮帮忙得到amber格式的crd和top文件,我用NAMD计算自由能,谢谢啦
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : trpzip2_1.pdb
  • 2015-12-10 22:03:01, 409.39 K

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmt921108

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你如果要用amber力场的话,就先不要溶剂化,将原始的pdb导入amber,用amber参数来溶剂化。
2楼2015-12-11 20:47:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

magicdalang

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lmt921108 at 2015-12-11 20:47:14
你如果要用amber力场的话,就先不要溶剂化,将原始的pdb导入amber,用amber参数来溶剂化。

嗯嗯,后面把水删除了

发自小木虫Android客户端
3楼2015-12-13 02:12:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)

本帖内容被屏蔽

4楼2015-12-13 08:05:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 magicdalang 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 291求调剂 +9 Y-cap 2026-03-29 12/600 2026-03-31 08:20 by 一只好果子?
[考研] 332求调剂 +14 032500 2026-03-25 14/700 2026-03-30 20:03 by 无际的草原
[考研] 085600 286分 材料求调剂 +11 麻辣鱿鱼 2026-03-27 12/600 2026-03-30 19:33 by Wang200018
[考研] 085601材料工程找调剂 +17 oatmealR 2026-03-29 18/900 2026-03-30 19:21 by Wang200018
[考研] 348求调剂 +6 小懒虫不懒了 2026-03-28 6/300 2026-03-30 10:29 by Evan_Liu
[考研] 311求调剂 +10 lin0039 2026-03-26 10/500 2026-03-30 10:26 by herarysara
[考研] 375求调剂 +6 雨夏整夜 2026-03-29 6/300 2026-03-30 10:21 by herarysara
[考研] 299求调剂 +10 15188958825 2026-03-25 10/500 2026-03-29 17:51 by 王亮_大连医科大
[考研] 340求调剂 +6 Amber00 2026-03-26 6/300 2026-03-29 12:06 by 无际的草原
[考研] 调剂求院校招收 +6 鹤鲸鸽 2026-03-28 6/300 2026-03-29 08:15 by fmesaito
[考研] 0856求调剂 +13 zhn03 2026-03-25 14/700 2026-03-29 08:13 by fmesaito
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +6 崔wj 2026-03-26 6/300 2026-03-29 01:11 by hanserlol
[考研] 312,生物学求调剂 +3 小译同学abc 2026-03-28 3/150 2026-03-28 15:32 by 落睿可思
[考研] 286求调剂 +12 PolarBear11 2026-03-26 12/600 2026-03-28 12:14 by zllcz
[有机交流] 高温高压反应求助 10+4 chibby 2026-03-25 4/200 2026-03-27 21:08 by BT20230424
[考研] 085600,材料与化工321分调剂 +4 大馋小子 2026-03-27 6/300 2026-03-27 14:11 by 松花缸1201
[考研] 0703化学一志愿南京师范大学303求调剂 +3 zzffylgg 2026-03-24 3/150 2026-03-27 10:42 by shangxh
[考研] 321求调剂 +6 Ymlll 2026-03-24 6/300 2026-03-26 20:50 by 不吃魚的貓
[考研] 302求调剂 +4 锦衣卫藤椒 2026-03-25 4/200 2026-03-25 16:29 by 功夫疯狂
[考研] 材料考研调剂生 +3 黄粱一梦千年 2026-03-24 3/150 2026-03-24 17:00 by barlinike
信息提示
请填处理意见