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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请amber用户帮小弟转换一下pdb文件成为amber的top文件和crd文件
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magicdalang

新虫 (小有名气)

[求助] 请amber用户帮小弟转换一下pdb文件成为amber的top文件和crd文件 已有1人参与

小弟一般用NAMD做charmm力场的计算，对amber不是很懂，现在有一个已经溶剂化了的体系，pdb文件如下，请帮帮忙得到amber格式的crd和top文件，我用NAMD计算自由能，谢谢啦
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  • 附件 1 : trpzip2_1.pdb
    • 2015-12-10 22:03:01, 409.39 K

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1楼 2015-12-10 22:04:21
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lmt921108

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你如果要用amber力场的话，就先不要溶剂化，将原始的pdb导入amber，用amber参数来溶剂化。
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2楼2015-12-11 20:47:14
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magicdalang

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lmt921108 at 2015-12-11 20:47:14
你如果要用amber力场的话，就先不要溶剂化，将原始的pdb导入amber，用amber参数来溶剂化。

嗯嗯，后面把水删除了

发自小木虫Android客户端
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3楼2015-12-13 02:12:08
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smutao

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
4楼2015-12-13 08:05:26
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