应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 用mothur做植物内生真菌基因库的OTU聚类分析，提示片段长度不一致，怎么办？
81/1返回列表
查看: 2203  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wcq吴超群

新虫 (小有名气)

[求助] 用mothur做植物内生真菌基因库的OTU聚类分析，提示片段长度不一致，怎么办？ 已有1人参与

最近测了一种植物的内生真菌序列的克隆文库，大概有一百多条序列，长度在500-750bp之间都有。想用mothur软件把这些序列划分到不同的OTU，然后再挑选每个OTU中代表序列做系统发育分析。那么问题来了？
    我在运行mothur软件时，提醒序列长度不一致，需要修改成一致的。请问这个是什么意思？难道要把序列长度都人工截取到一样的长度？
    我发现mega软件在构建系统发育树时也有一个步骤是处理每个序列使它们的长度保持一致后，才能构建树。
本人纯属小白，还请各位多多帮助。ps有没有其他的方法或软件把克隆文库的序列划分到不同的OTU，我在网上只能查到mothur的教程比较详细。
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2015-12-09 10:29:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wcq吴超群

新虫 (小有名气)
顶

发自小木虫Android客户端
2楼2015-12-09 12:05:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

喝茶的面包

银虫 (初入文坛)
最近在学mothur，也遇到和楼主相同的问题，请问您解决了吗？如果解决了，能否告知是怎样解决的，非常感谢
赞一下 回复此楼
3楼2015-12-29 18:51:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wcq吴超群

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 喝茶的面包 at 2015-12-29 18:51:34
最近在学mothur，也遇到和楼主相同的问题，请问您解决了吗？如果解决了，能否告知是怎样解决的，非常感谢

mega软件在构建系统发育树时也有一个步骤是处理每个序列使它们的长度保持一致后，才能构建树。我就用MEGA软件把他们长度处理一致后，再在mothur上运行

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2015-12-30 08:44:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

苹果苹果梨

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我mothur 下载后出现编码对话框怎么回事啊 下一步我该怎么办
赞一下 回复此楼
5楼2016-01-12 14:09:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wcq吴超群

新虫 (小有名气)
正常的的，就是要写程序计算的。你百度下，有人发了mothur用法的博客

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
6楼2016-01-13 09:05:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晨风而起

银虫 (小有名气)
内容已删除
回复此楼
7楼2017-02-17 10:14:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peccatum

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wcq吴超群 at 2015-12-30 08:44:50
mega软件在构建系统发育树时也有一个步骤是处理每个序列使它们的长度保持一致后，才能构建树。我就用MEGA软件把他们长度处理一致后，再在mothur上运行
...

是序列截齐这一步吗，这个到底是什么标准来截呢

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
8楼2018-05-04 11:16:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wcq吴超群 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求材料调剂 +10 隔壁陈先生 2026-03-12 10/500 2026-03-19 09:15 by 无际的草原
[基金申请] 国自科面上基金字体 +7 iwuli 2026-03-12 8/400 2026-03-19 08:55 by sjtu2012
[考研] 材料专硕英一数二306 +5 z1z2z3879 2026-03-18 5/250 2026-03-19 07:43 by BruceLiu320
[考研] 26调剂/材料/英一数二/总分289/已过A区线 +7 步川酷紫123 2026-03-13 7/350 2026-03-18 17:12 by 尽舜尧1
[考研] 295求调剂 +3 一志愿京区211 2026-03-18 5/250 2026-03-18 17:03 by zhaoqian0518
[教师之家] 焦虑 +8 水冰月月野兔 2026-03-13 12/600 2026-03-18 15:27 by 咪呜喵呜
[考研] 一志愿西南交大，求调剂 +4 材化逐梦人 2026-03-18 4/200 2026-03-18 14:22 by 007_lilei
[考研] 303求调剂 +4 睿08 2026-03-17 6/300 2026-03-18 11:01 by Iveryant
[考研] 307求调剂 +3 冷笙123 2026-03-17 3/150 2026-03-18 09:55 by macy2011
[考研] 环境工程调剂 +8 大可digkids 2026-03-16 8/400 2026-03-18 09:36 by zhukairuo
[硕博家园] 湖北工业大学 生命科学与健康学院-课题组招收2026级食品/生物方向硕士 +3 1喜春8 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:18 by ber川cool子
[考研] 085601求调剂 +4 Du.11 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:08 by ruiyingmiao
[考研] 290求调剂 +6 孔志浩 2026-03-12 11/550 2026-03-17 14:41 by 周舟舟77
[考研] 304求调剂 +4 ahbd 2026-03-14 4/200 2026-03-16 16:48 by 我的船我的海
[考研] 一志愿211 0703方向310分求调剂 +3 努力奋斗112 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:44 by houyaoxu
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
[考研] 复试调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
[考研] 工科278分求调剂 +5 周慢热啊 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:49 by JourneyLucky
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +8 困于星晨 2026-03-12 10/500 2026-03-13 15:42 by ms629
[考研] 289求调剂 +3 李政莹 2026-03-12 3/150 2026-03-13 11:02 by 求调剂zz
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭