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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 用mothur做植物内生真菌基因库的OTU聚类分析，提示片段长度不一致，怎么办？
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wcq吴超群

新虫 (小有名气)

[求助] 用mothur做植物内生真菌基因库的OTU聚类分析，提示片段长度不一致，怎么办？ 已有1人参与

最近测了一种植物的内生真菌序列的克隆文库，大概有一百多条序列，长度在500-750bp之间都有。想用mothur软件把这些序列划分到不同的OTU，然后再挑选每个OTU中代表序列做系统发育分析。那么问题来了？
    我在运行mothur软件时，提醒序列长度不一致，需要修改成一致的。请问这个是什么意思？难道要把序列长度都人工截取到一样的长度？
    我发现mega软件在构建系统发育树时也有一个步骤是处理每个序列使它们的长度保持一致后，才能构建树。
本人纯属小白，还请各位多多帮助。ps有没有其他的方法或软件把克隆文库的序列划分到不同的OTU，我在网上只能查到mothur的教程比较详细。
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1楼 2015-12-09 10:29:01
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peccatum

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wcq吴超群 at 2015-12-30 08:44:50
mega软件在构建系统发育树时也有一个步骤是处理每个序列使它们的长度保持一致后，才能构建树。我就用MEGA软件把他们长度处理一致后，再在mothur上运行
...

是序列截齐这一步吗，这个到底是什么标准来截呢

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8楼2018-05-04 11:16:23
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wcq吴超群

新虫 (小有名气)
顶

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2楼2015-12-09 12:05:31
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喝茶的面包

银虫 (初入文坛)
最近在学mothur，也遇到和楼主相同的问题，请问您解决了吗？如果解决了，能否告知是怎样解决的，非常感谢
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3楼2015-12-29 18:51:34
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wcq吴超群

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 喝茶的面包 at 2015-12-29 18:51:34
最近在学mothur，也遇到和楼主相同的问题，请问您解决了吗？如果解决了，能否告知是怎样解决的，非常感谢

mega软件在构建系统发育树时也有一个步骤是处理每个序列使它们的长度保持一致后，才能构建树。我就用MEGA软件把他们长度处理一致后，再在mothur上运行

发自小木虫Android客户端
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4楼2015-12-30 08:44:50
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