| 查看: 2209 | 回复: 7 | ||
[求助]
用mothur做植物内生真菌基因库的OTU聚类分析，提示片段长度不一致，怎么办？ 已有1人参与
|
|
最近测了一种植物的内生真菌序列的克隆文库，大概有一百多条序列，长度在500-750bp之间都有。想用mothur软件把这些序列划分到不同的OTU，然后再挑选每个OTU中代表序列做系统发育分析。那么问题来了？ 我在运行mothur软件时，提醒序列长度不一致，需要修改成一致的。请问这个是什么意思？难道要把序列长度都人工截取到一样的长度？ 我发现mega软件在构建系统发育树时也有一个步骤是处理每个序列使它们的长度保持一致后，才能构建树。 本人纯属小白，还请各位多多帮助。ps有没有其他的方法或软件把克隆文库的序列划分到不同的OTU，我在网上只能查到mothur的教程比较详细。 |
回复此楼» 猜你喜欢
288求调剂，一志愿华南理工大学071005
已经有5人回复
-
一志愿中国海洋大学，生物学，301分，求调剂
已经有5人回复
-
294求调剂材料与化工专硕
已经有12人回复
-
0856调剂，是学校就去
已经有5人回复
-
0817 化学工程 299分求调剂 有科研经历 有二区文章
已经有13人回复
-
梁成伟老师课题组欢迎你的加入
已经有11人回复
-
复试调剂
已经有6人回复
-
0703化学调剂 ，六级已过，有科研经历
已经有11人回复
-
321求调剂
已经有10人回复
-
东华理工大学化材专业26届硕士博士申请
已经有8人回复
2楼2015-12-09 12:05:31
3楼2015-12-29 18:51:34
|
mega软件在构建系统发育树时也有一个步骤是处理每个序列使它们的长度保持一致后，才能构建树。我就用MEGA软件把他们长度处理一致后，再在mothur上运行 发自小木虫Android客户端 |
4楼2015-12-30 08:44:50
5楼2016-01-12 14:09:05
6楼2016-01-13 09:05:42
7楼2017-02-17 10:14:51
8楼2018-05-04 11:16:23
