| 查看: 2237 | 回复: 7 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
用mothur做植物内生真菌基因库的OTU聚类分析，提示片段长度不一致，怎么办？ 已有1人参与
|
||
|
最近测了一种植物的内生真菌序列的克隆文库，大概有一百多条序列，长度在500-750bp之间都有。想用mothur软件把这些序列划分到不同的OTU，然后再挑选每个OTU中代表序列做系统发育分析。那么问题来了？ 我在运行mothur软件时，提醒序列长度不一致，需要修改成一致的。请问这个是什么意思？难道要把序列长度都人工截取到一样的长度？ 我发现mega软件在构建系统发育树时也有一个步骤是处理每个序列使它们的长度保持一致后，才能构建树。 本人纯属小白，还请各位多多帮助。ps有没有其他的方法或软件把克隆文库的序列划分到不同的OTU，我在网上只能查到mothur的教程比较详细。 |
回复此楼» 猜你喜欢
农学0904 312求调剂
已经有3人回复
-
288求调剂
已经有14人回复
-
290求调剂
已经有6人回复
-
材料085601调剂
已经有27人回复
-
272分材料子求调剂
已经有35人回复
-
296求调剂
已经有13人回复
-
广东省 085601 329分求调剂
已经有12人回复
-
材料类284调剂
已经有47人回复
-
材料调剂推荐
已经有8人回复
-
085600材料与化工329分求调剂
已经有7人回复
3楼2015-12-29 18:51:34
2楼2015-12-09 12:05:31
|
mega软件在构建系统发育树时也有一个步骤是处理每个序列使它们的长度保持一致后，才能构建树。我就用MEGA软件把他们长度处理一致后，再在mothur上运行 发自小木虫Android客户端 |
4楼2015-12-30 08:44:50
5楼2016-01-12 14:09:05
