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wangweiyu

新虫 (著名写手)

[求助] 关于ChIP seq数据的peak calling和motif查找问题

测序公司给的ChIP-seq生物信息学分析结果,只calling到了700个peak,是不是阈值调的过高,有点太少了?另外,查找到的motif为什么没有我研究的转录因子的基序?是分析的问题吗?还是我的实验失败了,没有沉淀下来靶DNA?有没有懂得大神知道的,悬赏金币全部奖励。

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wangweiyu

新虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by weiyf11 at 2015-12-05 13:39:18
可以让他们调低cut-off或是p-value看看。另外问一下他们找motif的软件是什么

谢谢!跟他们说了让他们调低,他们还要加钱。哎!技术说都是用的homer做的motif分析。

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3楼2015-12-06 16:06:26
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weiyf11

新虫 (初入文坛)

可以让他们调低cut-off或是p-value看看。另外问一下他们找motif的软件是什么
2楼2015-12-05 13:39:18
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wangweiyu

新虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by weiyf11 at 2015-12-05 13:39:18
可以让他们调低cut-off或是p-value看看。另外问一下他们找motif的软件是什么

homer分析是不是不好呢?

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2015-12-09 14:13:41
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wangweiyu

新虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by weiyf11 at 2015-12-05 13:39:18
可以让他们调低cut-off或是p-value看看。另外问一下他们找motif的软件是什么

现在不能说明我的实验失败是吧?找不到motif是否只是参数设置导致?

[ 发自小木虫客户端 ]
5楼2015-12-09 17:10:32
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