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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 关于ChIP seq数据的peak calling和motif查找问题
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wangweiyu

新虫 (著名写手)

[求助] 关于ChIP seq数据的peak calling和motif查找问题

测序公司给的ChIP-seq生物信息学分析结果，只calling到了700个peak，是不是阈值调的过高，有点太少了？另外，查找到的motif为什么没有我研究的转录因子的基序？是分析的问题吗？还是我的实验失败了，没有沉淀下来靶DNA？有没有懂得大神知道的，悬赏金币全部奖励。

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1楼 2015-12-05 06:36:40
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weiyf11

新虫 (初入文坛)
可以让他们调低cut-off或是p-value看看。另外问一下他们找motif的软件是什么
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2楼2015-12-05 13:39:18
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wangweiyu

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by weiyf11 at 2015-12-05 13:39:18
可以让他们调低cut-off或是p-value看看。另外问一下他们找motif的软件是什么

谢谢！跟他们说了让他们调低，他们还要加钱。哎！技术说都是用的homer做的motif分析。

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3楼2015-12-06 16:06:26
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wangweiyu

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by weiyf11 at 2015-12-05 13:39:18
可以让他们调低cut-off或是p-value看看。另外问一下他们找motif的软件是什么

homer分析是不是不好呢？

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4楼2015-12-09 14:13:41
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wangweiyu

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by weiyf11 at 2015-12-05 13:39:18
可以让他们调低cut-off或是p-value看看。另外问一下他们找motif的软件是什么

现在不能说明我的实验失败是吧？找不到motif是否只是参数设置导致？

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5楼2015-12-09 17:10:32
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mlfyzwj

新虫 (初入文坛)
请问 大概多少peak 才算是该有的水平？
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6楼2016-03-02 14:12:47
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陆飞
祝福

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7楼2018-07-20 23:41:36
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