24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 4703  |  回复: 6

wangweiyu

新虫 (著名写手)

[求助] 关于ChIP seq数据的peak calling和motif查找问题

测序公司给的ChIP-seq生物信息学分析结果,只calling到了700个peak,是不是阈值调的过高,有点太少了?另外,查找到的motif为什么没有我研究的转录因子的基序?是分析的问题吗?还是我的实验失败了,没有沉淀下来靶DNA?有没有懂得大神知道的,悬赏金币全部奖励。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

weiyf11

新虫 (初入文坛)

可以让他们调低cut-off或是p-value看看。另外问一下他们找motif的软件是什么
2楼2015-12-05 13:39:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangweiyu

新虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by weiyf11 at 2015-12-05 13:39:18
可以让他们调低cut-off或是p-value看看。另外问一下他们找motif的软件是什么

谢谢!跟他们说了让他们调低,他们还要加钱。哎!技术说都是用的homer做的motif分析。

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2015-12-06 16:06:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangweiyu

新虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by weiyf11 at 2015-12-05 13:39:18
可以让他们调低cut-off或是p-value看看。另外问一下他们找motif的软件是什么

homer分析是不是不好呢?

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2015-12-09 14:13:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangweiyu

新虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by weiyf11 at 2015-12-05 13:39:18
可以让他们调低cut-off或是p-value看看。另外问一下他们找motif的软件是什么

现在不能说明我的实验失败是吧?找不到motif是否只是参数设置导致?

[ 发自小木虫客户端 ]
5楼2015-12-09 17:10:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mlfyzwj

新虫 (初入文坛)

请问 大概多少peak 才算是该有的水平?
6楼2016-03-02 14:12:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
7楼2018-07-20 23:41:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wangweiyu 的主题更新
信息提示
请填处理意见