应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 关于ChIP seq数据的peak calling和motif查找问题
71/1返回列表
查看: 4808  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wangweiyu

新虫 (著名写手)

[求助] 关于ChIP seq数据的peak calling和motif查找问题

测序公司给的ChIP-seq生物信息学分析结果，只calling到了700个peak，是不是阈值调的过高，有点太少了？另外，查找到的motif为什么没有我研究的转录因子的基序？是分析的问题吗？还是我的实验失败了，没有沉淀下来靶DNA？有没有懂得大神知道的，悬赏金币全部奖励。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-12-05 06:36:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

weiyf11

新虫 (初入文坛)
可以让他们调低cut-off或是p-value看看。另外问一下他们找motif的软件是什么
赞一下 回复此楼
2楼2015-12-05 13:39:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangweiyu

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by weiyf11 at 2015-12-05 13:39:18
可以让他们调低cut-off或是p-value看看。另外问一下他们找motif的软件是什么

谢谢！跟他们说了让他们调低，他们还要加钱。哎！技术说都是用的homer做的motif分析。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
3楼2015-12-06 16:06:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangweiyu

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by weiyf11 at 2015-12-05 13:39:18
可以让他们调低cut-off或是p-value看看。另外问一下他们找motif的软件是什么

homer分析是不是不好呢？

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
4楼2015-12-09 14:13:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangweiyu

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by weiyf11 at 2015-12-05 13:39:18
可以让他们调低cut-off或是p-value看看。另外问一下他们找motif的软件是什么

现在不能说明我的实验失败是吧？找不到motif是否只是参数设置导致？

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
5楼2015-12-09 17:10:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mlfyzwj

新虫 (初入文坛)
请问 大概多少peak 才算是该有的水平？
赞一下 回复此楼
6楼2016-03-02 14:12:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

陆飞
祝福

发自小木虫Android客户端
7楼2018-07-20 23:41:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wangweiyu 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 335分 | 材料与化工专硕 | GPA 4.07 | 有科研经历 +6 cccchenso 2026-03-23 6/300 2026-03-25 22:25 by 544594351
[考研] 312求调剂 +5 上岸吧ZJY 2026-03-22 7/350 2026-03-25 22:20 by 544594351
[考研] 材料求调剂 +4 .m.. 2026-03-25 4/200 2026-03-25 21:30 by peike
[考研] 网络空间安全0839招调剂 +4 w320357296 2026-03-25 6/300 2026-03-25 17:59 by 255671
[考研] 0854AI CV方向招收调剂 +4 章小鱼567 2026-03-23 4/200 2026-03-25 17:04 by CoderLoser
[考研] 0854人工智能方向招收调剂 +4 章小鱼567 2026-03-24 4/200 2026-03-25 13:29 by 2177681040
[考研] 281求调剂 +4 Koxui 2026-03-24 5/250 2026-03-25 11:38 by userper
[考研] 085600材料与化工调剂 +9 A-哆啦Z梦 2026-03-23 15/750 2026-03-25 11:18 by Ainin_
[考研] 一志愿 西北大学 ，070300化学学硕，总分287，双非一本，求调剂。 +4 晨昏线与星海 2026-03-20 4/200 2026-03-25 10:16 by allen-yin
[考研] 289材料与化工（085600）B区求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-22 5/250 2026-03-25 08:20 by mx.yue
[考研] 300分，材料，求调剂，英一数二 +5 超赞的 2026-03-24 5/250 2026-03-24 21:07 by 星空星月
[考研] 调剂 +4 13853210211 2026-03-24 4/200 2026-03-24 19:44 by ms629
[考研] 一志愿211 初试270分 求调剂 +5 谷雨上岸 2026-03-23 6/300 2026-03-24 16:32 by laoshidan
[考研] 一志愿国科过程所081700，274求调剂 +3 三水研0水立方 2026-03-23 3/150 2026-03-23 23:11 by MajorWen
[考研] 327求调剂 +5 prayer13 2026-03-23 5/250 2026-03-23 22:11 by 星空星月
[考研] 260求调剂 +3 朱芷琳 2026-03-20 4/200 2026-03-22 15:12 by 朱芷琳
[考研] 297求调剂 +3 喜欢还是不甘心 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:33 by 学员8dgXkO
[考研] 279求调剂 +5 红衣隐官 2026-03-21 5/250 2026-03-21 14:59 by lature00
[考研] 一志愿苏州大学材料求调剂，总分315（英一） +5 sbdksD 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:10 by luoyongfeng
[考研] 353求调剂 +3 拉钩不许变 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:56 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭