应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 关于ChIP seq数据的peak calling和motif查找问题
71/1返回列表
查看: 4814  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wangweiyu

新虫 (著名写手)

[求助] 关于ChIP seq数据的peak calling和motif查找问题

测序公司给的ChIP-seq生物信息学分析结果，只calling到了700个peak，是不是阈值调的过高，有点太少了？另外，查找到的motif为什么没有我研究的转录因子的基序？是分析的问题吗？还是我的实验失败了，没有沉淀下来靶DNA？有没有懂得大神知道的，悬赏金币全部奖励。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-12-05 06:36:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

weiyf11

新虫 (初入文坛)
可以让他们调低cut-off或是p-value看看。另外问一下他们找motif的软件是什么
赞一下 回复此楼
2楼2015-12-05 13:39:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangweiyu

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by weiyf11 at 2015-12-05 13:39:18
可以让他们调低cut-off或是p-value看看。另外问一下他们找motif的软件是什么

谢谢！跟他们说了让他们调低，他们还要加钱。哎！技术说都是用的homer做的motif分析。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
3楼2015-12-06 16:06:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangweiyu

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by weiyf11 at 2015-12-05 13:39:18
可以让他们调低cut-off或是p-value看看。另外问一下他们找motif的软件是什么

homer分析是不是不好呢？

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
4楼2015-12-09 14:13:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangweiyu

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by weiyf11 at 2015-12-05 13:39:18
可以让他们调低cut-off或是p-value看看。另外问一下他们找motif的软件是什么

现在不能说明我的实验失败是吧？找不到motif是否只是参数设置导致？

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
5楼2015-12-09 17:10:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mlfyzwj

新虫 (初入文坛)
请问 大概多少peak 才算是该有的水平？
赞一下 回复此楼
6楼2016-03-02 14:12:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

陆飞
祝福

发自小木虫Android客户端
7楼2018-07-20 23:41:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wangweiyu 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 297求调剂 +3 田洪有 2026-03-26 3/150 2026-03-26 09:38 by 杨杨杨紫
[考研] 一志愿中南大学化学学硕0703总分337求调剂 +7 niko- 2026-03-22 7/350 2026-03-25 20:14 by qingfeng258
[考研] 【2026考研调剂】制药工程 284分 求相关专业调剂名额 +4 袁奂奂 2026-03-25 8/400 2026-03-25 14:32 by lbsjt
[考研] 359求调剂 +3 王了个楠 2026-03-25 3/150 2026-03-25 12:50 by Dyhoer
[考研] 材料学硕，求调剂 6+4 糖葫芦888ll 2026-03-22 9/450 2026-03-25 11:19 by greychen00
[考研] 0856材料专硕353求调剂 +6 NIFFFfff 2026-03-20 6/300 2026-03-24 21:02 by hello七七
[考研] 070300化学求调剂 +9 苑豆豆 2026-03-20 9/450 2026-03-24 17:15 by licg0208
[考研] 求调剂 +6 研研，接电话 2026-03-24 7/350 2026-03-24 17:01 by barlinike
[考研] 321求调剂 +4 Ymlll 2026-03-24 4/200 2026-03-24 14:44 by sprinining
[基金申请] 请教下大家 2026年国家基金申请是双盲审吗？ +3 lishucheng1 2026-03-22 5/250 2026-03-24 08:22 by gltch
[考研] 生物学一志愿985，分数349求调剂 +6 zxts12 2026-03-21 9/450 2026-03-23 18:37 by macy2011
[考研] 315分，诚求调剂，材料与化工085600 +3 13756423260 2026-03-22 3/150 2026-03-22 20:11 by edmund7
[考研] 298求调剂一志愿211 +3 上岸6666@ 2026-03-20 3/150 2026-03-22 15:50 by ColorlessPI
[考研] 一志愿北京化工大学070300 学硕336求调剂 +5 vv迷 2026-03-21 8/400 2026-03-22 14:20 by ColorlessPI
[考研] 285求调剂 +6 ytter 2026-03-22 6/300 2026-03-22 12:09 by 星空星月
[考研] 材料学硕301分求调剂 +7 Liyouyumairs 2026-03-21 7/350 2026-03-21 22:31 by peike
[考研] 考研调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-21 3/150 2026-03-21 20:04 by 无际的草原
[考研] 0703化学调剂 +4 妮妮ninicgb 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:39 by 学员8dgXkO
[考研] 279求调剂 +5 红衣隐官 2026-03-21 5/250 2026-03-21 14:59 by lature00
[考研] A区线材料学调剂 +5 周周无极 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:33 by laoshidan
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭