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upgo123

金虫 (小有名气)

[求助] 关于DNAMAN点矩阵序列比对的问题,小菜来求助,寻帮忙!谢啦!已有1人参与

我用DNAMAN软件,在点矩阵比对两序列,且进行双链比对时,黑色点表示Sequence 2正链与Sequence 1比对结果,红色点表示Sequence 2负链与Sequence 1比对结果。
如图,两序列的点矩阵比对结果图,请问我的结果说明了什么信息?怎么黑的红的呈垂直分布?怎么看?另外,在什么时候用“点矩阵比对”呢?
请大侠们不吝赐教,非常感谢!

关于DNAMAN点矩阵序列比对的问题,小菜来求助,寻帮忙!谢啦!
点矩阵比较结果图.PNG
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upgo123

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by hanfusu at 2015-12-04 20:04:05
对角线也是相同序列,如果序列1和2完全相同的话,对角线对从0至结束完全对角。相同的功能有个网页工具叫Jdottor,这个比较好用,但是需要简单注册和下载Java,当你把鼠标指针对着序列的时候会显示序列位置,这样你 ...

会不会有时候,或着在某些地方,某种文章报道中 特别要求 用点矩阵比对 对两序列进行分析的情况呢?谢谢!
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5楼2015-12-04 23:51:17
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hanfusu

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
upgo123: 金币+30, ★★★★★最佳答案, 非常感谢! 2015-12-05 08:54:35
X轴Y轴分别代表序列1、2,黑色小线代表的是保留序列(相同序列),红色线代表的是反向序列(序列反向相同)

发自小木虫Android客户端
2楼2015-12-04 11:53:07
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upgo123

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hanfusu at 2015-12-04 11:53:07
X轴Y轴分别代表序列1、2,黑色小线代表的是保留序列(相同序列),红色线代表的是反向序列(序列反向相同)

如果黑色小线代表的是保留序列(相同序列),那么从哪儿能读出他的信息,比如序列长度、包含的碱基之类的?还有,那条较长的对角线也表示相同序列吗?
有没有相关的文章介绍?谢谢!
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3楼2015-12-04 13:48:52
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hanfusu

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by upgo123 at 2015-12-04 13:48:52
如果黑色小线代表的是保留序列(相同序列),那么从哪儿能读出他的信息,比如序列长度、包含的碱基之类的?还有,那条较长的对角线也表示相同序列吗?
有没有相关的文章介绍?谢谢!...

对角线也是相同序列,如果序列1和2完全相同的话,对角线对从0至结束完全对角。相同的功能有个网页工具叫Jdottor,这个比较好用,但是需要简单注册和下载Java,当你把鼠标指针对着序列的时候会显示序列位置,这样你就可以知道那些黑色线和红色的具体起止点了。

发自小木虫Android客户端
4楼2015-12-04 20:04:05
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