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upgo123

金虫 (小有名气)

[求助] 关于DNAMAN点矩阵序列比对的问题，小菜来求助，寻帮忙！谢啦！ 已有1人参与

我用DNAMAN软件，在点矩阵比对两序列，且进行双链比对时，黑色点表示Sequence 2正链与Sequence 1比对结果，红色点表示Sequence 2负链与Sequence 1比对结果。
如图，两序列的点矩阵比对结果图，请问我的结果说明了什么信息？怎么黑的红的呈垂直分布？怎么看？另外，在什么时候用“点矩阵比对”呢？
请大侠们不吝赐教，非常感谢！

关于DNAMAN点矩阵序列比对的问题，小菜来求助，寻帮忙！谢啦！
点矩阵比较结果图.PNG
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1楼 2015-12-04 11:37:54
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hanfusu

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
upgo123: 金币+30, ★★★★★最佳答案, 非常感谢！ 2015-12-05 08:54:35
X轴Y轴分别代表序列1、2，黑色小线代表的是保留序列（相同序列），红色线代表的是反向序列（序列反向相同）

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2楼2015-12-04 11:53:07
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upgo123

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hanfusu at 2015-12-04 11:53:07
X轴Y轴分别代表序列1、2，黑色小线代表的是保留序列（相同序列），红色线代表的是反向序列（序列反向相同）

如果黑色小线代表的是保留序列（相同序列），那么从哪儿能读出他的信息，比如序列长度、包含的碱基之类的？还有，那条较长的对角线也表示相同序列吗？
有没有相关的文章介绍？谢谢！
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3楼2015-12-04 13:48:52
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hanfusu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by upgo123 at 2015-12-04 13:48:52
如果黑色小线代表的是保留序列（相同序列），那么从哪儿能读出他的信息，比如序列长度、包含的碱基之类的？还有，那条较长的对角线也表示相同序列吗？
有没有相关的文章介绍？谢谢！...

对角线也是相同序列，如果序列1和2完全相同的话，对角线对从0至结束完全对角。相同的功能有个网页工具叫Jdottor，这个比较好用，但是需要简单注册和下载Java，当你把鼠标指针对着序列的时候会显示序列位置，这样你就可以知道那些黑色线和红色的具体起止点了。

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4楼2015-12-04 20:04:05
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upgo123

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hanfusu at 2015-12-04 20:04:05
对角线也是相同序列，如果序列1和2完全相同的话，对角线对从0至结束完全对角。相同的功能有个网页工具叫Jdottor，这个比较好用，但是需要简单注册和下载Java，当你把鼠标指针对着序列的时候会显示序列位置，这样你 ...

会不会有时候，或着在某些地方，某种文章报道中 特别要求 用点矩阵比对 对两序列进行分析的情况呢？谢谢！
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5楼2015-12-04 23:51:17
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hanfusu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by upgo123 at 2015-12-04 23:51:17
会不会有时候，或着在某些地方，某种文章报道中 特别要求 用点矩阵比对 对两序列进行分析的情况呢？谢谢！...

一般不会的，因为已经有了序列，只需要指出来了序列有什么特点，大家一看就知道了，当然你得说明你用什么方法分析了序列。

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6楼2015-12-05 07:00:31
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