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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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wyysunshine

木虫 (知名作家)

[求助] Modeltest寻找建树模型求助~~ 已有3人参与

正在做DNA序列分析，用到modeltest寻找建树模型，操作步骤如下：（参考http://blog.sina.com.cn/s/blog_43b74ed60100dexh.html）
1、把序列使用ClustalX 1.83进行比对，然后保存成PAUP识别的格式Nexus，然后导入至PAUP。
2、导入序列之后，在Modeltest的文件夹中，有一个paupblock的文件夹，里面有一个文件叫“modelblockPAUPb10”，然后在paup软件中，file，open，就可以执行这个命令了。就是paup用ML计算不同model下的似然值。如果序列比较多，且长的话，需要计算一阵呢！
3、运行完这步之后，在paupblock文件夹中，会生成一个名为“model.scores”的文件。
4、安装MrMTgui，完成之后，打开界面，在下面会有MT path和PAUP path两个按钮，然后打开，找到Modeltest和paup所在的文件夹，双击他们的安装程序，就可以连接上两个软件了。
5、然后点击左边的按钮“select file”，找到“model.scores”，之后，点击按钮“Modeltest！！”，然后就会出现运行结果了。
6、会出现两个运行结果，一个是hLRT得出的结果，另一个是AIC给出的结果。

问题出在第5步，点击‘modeltest！！’之后，就出现了下面的提示，Execution of command ‘m.bat’ failed （error 2：the system cannot find the file specified.）
好像是说一个文件找不到，但我并没有改动文件夹里的东西啊，运行了好几次都是这样，不知道问题出在哪里
help me plz

Modeltest寻找建树模型求助~~
modeltest.jpg
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顺其自然~~
1楼 2015-12-04 01:00:44
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雨中的雕塑

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wyysunshine at 2015-12-18 23:12:55
已经用过 Jmodeltest 了！但是 Jmodeltest 只能算出来适合最大似然法的模型，没法算贝叶斯的模型，我欲哭无泪。。。要用贝叶斯建树，还是得用 MrMTgui算模型啊。。。...

不明白，谁对你说的，Jmodeltest不能用贝叶斯，BEAST一样用这些参数设定啊，而且算出来的ESS都很好啊，另外在用Mrbayes时候根本不用模型的，只用分段就好了，软件会自动搜索最适合模型的，你见过别人用这个软件还要算Model的吗? 反正我是没见过。另外你说的那个什么的MrMTgui有必要用吗，直接在c盘下运行dos命令窗口，不就算出来你想要的模型了？有那么麻烦吗？甚至自己可以自己做个bat文件，想什么时候用都行啊。。
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我愿天下人：人人得以智慧之光，去开启生命之真谛
8楼2015-12-24 14:07:36
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wyysunshine

木虫 (知名作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 雨中的雕塑 at 2015-12-24 14:07:36
不明白，谁对你说的，Jmodeltest不能用贝叶斯，BEAST一样用这些参数设定啊，而且算出来的ESS都很好啊，另外在用Mrbayes时候根本不用模型的，只用分段就好了，软件会自动搜索最适合模型的，你见过别人用这个软件还要 ...

恩，谢谢你，是我自己理解错误了。。。已经做完贝叶斯建树了
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顺其自然~~
9楼2015-12-28 21:36:51
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普通回帖

17173me007

新虫 (小有名气)
m.bat这个文件不见了，，你到官网或找售后咨询下一个应该就可以了    是批处理文件，补丁基本都是这种文件

发自小木虫Android客户端
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2楼2015-12-04 08:16:21
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

建议还是使用win的版本，配合paup使用还是很方便的。祝好
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将相本无种★男儿当自强
3楼2015-12-08 00:37:20
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wyysunshine

木虫 (知名作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by rommel1941 at 2015-12-08 00:37:20
建议还是使用win的版本，配合paup使用还是很方便的。祝好

我是用的win版本哪，现在还是一直这个问题，真是醉了。一模一样的东西，在别人电脑上就行，我的电脑就是运行不了。。。
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顺其自然~~
4楼2015-12-18 20:14:13
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河
引用回帖:
4楼: Originally posted by wyysunshine at 2015-12-18 20:14:13
我是用的win版本哪，现在还是一直这个问题，真是醉了。一模一样的东西，在别人电脑上就行，我的电脑就是运行不了。。。...

想想是不是做了什么败人品的事了，哈哈哈。最简单的方法就是直接用 jmodeltest
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将相本无种★男儿当自强
5楼2015-12-18 21:14:27
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wyysunshine

木虫 (知名作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by rommel1941 at 2015-12-18 21:14:27
想想是不是做了什么败人品的事了，哈哈哈。最简单的方法就是直接用 jmodeltest...

已经用过 Jmodeltest 了！但是 Jmodeltest 只能算出来适合最大似然法的模型，没法算贝叶斯的模型，我欲哭无泪。。。要用贝叶斯建树，还是得用 MrMTgui算模型啊。。。
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顺其自然~~
6楼2015-12-18 23:12:55
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河
引用回帖:
6楼: Originally posted by wyysunshine at 2015-12-18 23:12:55
已经用过 Jmodeltest 了！但是 Jmodeltest 只能算出来适合最大似然法的模型，没法算贝叶斯的模型，我欲哭无泪。。。要用贝叶斯建树，还是得用 MrMTgui算模型啊。。。...

看来咱们的建树思路完全不一致，以前建个Bayes树用mrmodeltest就ok，现在jmodeltest一样有这个功能。Beast更是可以很好的解决问题，我确实不明白你为什么一直纠结在MrMTgui这个软件上......
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将相本无种★男儿当自强
7楼2015-12-19 00:59:00
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yany19900707

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by rommel1941 at 2015-12-08 00:37:20
建议还是使用win的版本，配合paup使用还是很方便的。祝好

你好，我用的就是WIN版本，配合PAUP使用的，可是当打开在Modeltest的文件夹中paupblock的文件夹的文件叫“modelblockPAUPb10”时总显示图片中这样，这是什么原因呢
Modeltest寻找建树模型求助~~-1
Unnamed QQ Screenshot20151231100616.png
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NO.1
10楼2015-12-31 10:11:14
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