应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » Modeltest寻找建树模型求助~~
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
141/2返回列表12下一页
查看: 4337  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wyysunshine

木虫 (知名作家)

[求助] Modeltest寻找建树模型求助~~ 已有3人参与

正在做DNA序列分析，用到modeltest寻找建树模型，操作步骤如下：（参考http://blog.sina.com.cn/s/blog_43b74ed60100dexh.html）
1、把序列使用ClustalX 1.83进行比对，然后保存成PAUP识别的格式Nexus，然后导入至PAUP。
2、导入序列之后，在Modeltest的文件夹中，有一个paupblock的文件夹，里面有一个文件叫“modelblockPAUPb10”，然后在paup软件中，file，open，就可以执行这个命令了。就是paup用ML计算不同model下的似然值。如果序列比较多，且长的话，需要计算一阵呢！
3、运行完这步之后，在paupblock文件夹中，会生成一个名为“model.scores”的文件。
4、安装MrMTgui，完成之后，打开界面，在下面会有MT path和PAUP path两个按钮，然后打开，找到Modeltest和paup所在的文件夹，双击他们的安装程序，就可以连接上两个软件了。
5、然后点击左边的按钮“select file”，找到“model.scores”，之后，点击按钮“Modeltest！！”，然后就会出现运行结果了。
6、会出现两个运行结果，一个是hLRT得出的结果，另一个是AIC给出的结果。

问题出在第5步，点击‘modeltest！！’之后，就出现了下面的提示，Execution of command ‘m.bat’ failed （error 2：the system cannot find the file specified.）
好像是说一个文件找不到，但我并没有改动文件夹里的东西啊，运行了好几次都是这样，不知道问题出在哪里
help me plz

Modeltest寻找建树模型求助~~
modeltest.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢
顺其自然~~
1楼 2015-12-04 01:00:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

雨中的雕塑

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wyysunshine at 2015-12-18 23:12:55
已经用过 Jmodeltest 了！但是 Jmodeltest 只能算出来适合最大似然法的模型，没法算贝叶斯的模型，我欲哭无泪。。。要用贝叶斯建树，还是得用 MrMTgui算模型啊。。。...

不明白，谁对你说的，Jmodeltest不能用贝叶斯，BEAST一样用这些参数设定啊，而且算出来的ESS都很好啊，另外在用Mrbayes时候根本不用模型的，只用分段就好了，软件会自动搜索最适合模型的，你见过别人用这个软件还要算Model的吗? 反正我是没见过。另外你说的那个什么的MrMTgui有必要用吗，直接在c盘下运行dos命令窗口，不就算出来你想要的模型了？有那么麻烦吗？甚至自己可以自己做个bat文件，想什么时候用都行啊。。
赞一下(1人) 回复此楼
我愿天下人：人人得以智慧之光，去开启生命之真谛
8楼2015-12-24 14:07:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wyysunshine

木虫 (知名作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 雨中的雕塑 at 2015-12-24 14:07:36
不明白，谁对你说的，Jmodeltest不能用贝叶斯，BEAST一样用这些参数设定啊，而且算出来的ESS都很好啊，另外在用Mrbayes时候根本不用模型的，只用分段就好了，软件会自动搜索最适合模型的，你见过别人用这个软件还要 ...

恩，谢谢你，是我自己理解错误了。。。已经做完贝叶斯建树了
赞一下(1人) 回复此楼
顺其自然~~
9楼2015-12-28 21:36:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

17173me007

新虫 (小有名气)
m.bat这个文件不见了，，你到官网或找售后咨询下一个应该就可以了    是批处理文件，补丁基本都是这种文件

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
2楼2015-12-04 08:16:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

建议还是使用win的版本，配合paup使用还是很方便的。祝好
赞一下 回复此楼
将相本无种★男儿当自强
3楼2015-12-08 00:37:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wyysunshine

木虫 (知名作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by rommel1941 at 2015-12-08 00:37:20
建议还是使用win的版本，配合paup使用还是很方便的。祝好

我是用的win版本哪，现在还是一直这个问题，真是醉了。一模一样的东西，在别人电脑上就行，我的电脑就是运行不了。。。
赞一下 回复此楼
顺其自然~~
4楼2015-12-18 20:14:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河
引用回帖:
4楼: Originally posted by wyysunshine at 2015-12-18 20:14:13
我是用的win版本哪，现在还是一直这个问题，真是醉了。一模一样的东西，在别人电脑上就行，我的电脑就是运行不了。。。...

想想是不是做了什么败人品的事了，哈哈哈。最简单的方法就是直接用 jmodeltest
赞一下 回复此楼
将相本无种★男儿当自强
5楼2015-12-18 21:14:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wyysunshine

木虫 (知名作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by rommel1941 at 2015-12-18 21:14:27
想想是不是做了什么败人品的事了，哈哈哈。最简单的方法就是直接用 jmodeltest...

已经用过 Jmodeltest 了！但是 Jmodeltest 只能算出来适合最大似然法的模型，没法算贝叶斯的模型，我欲哭无泪。。。要用贝叶斯建树，还是得用 MrMTgui算模型啊。。。
赞一下 回复此楼
顺其自然~~
6楼2015-12-18 23:12:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河
引用回帖:
6楼: Originally posted by wyysunshine at 2015-12-18 23:12:55
已经用过 Jmodeltest 了！但是 Jmodeltest 只能算出来适合最大似然法的模型，没法算贝叶斯的模型，我欲哭无泪。。。要用贝叶斯建树，还是得用 MrMTgui算模型啊。。。...

看来咱们的建树思路完全不一致，以前建个Bayes树用mrmodeltest就ok，现在jmodeltest一样有这个功能。Beast更是可以很好的解决问题，我确实不明白你为什么一直纠结在MrMTgui这个软件上......
赞一下 回复此楼
将相本无种★男儿当自强
7楼2015-12-19 00:59:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yany19900707

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by rommel1941 at 2015-12-08 00:37:20
建议还是使用win的版本，配合paup使用还是很方便的。祝好

你好，我用的就是WIN版本，配合PAUP使用的，可是当打开在Modeltest的文件夹中paupblock的文件夹的文件叫“modelblockPAUPb10”时总显示图片中这样，这是什么原因呢
Modeltest寻找建树模型求助~~-1
Unnamed QQ Screenshot20151231100616.png
赞一下 回复此楼
NO.1
10楼2015-12-31 10:11:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wyysunshine 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿哈尔滨工业大学材料与化工方向336分 +10 辰沐5211314 2026-03-26 10/500 2026-03-29 21:01 by 唐沐儿
[考研] 307求调剂 +9 超级伊昂大王 2026-03-24 10/500 2026-03-29 20:26 by 永字号
[考研] 277跪求调剂 +6 1915668 2026-03-27 10/500 2026-03-29 16:03 by 王亮_大连医科大
[考研] 求调剂 +4 青春裁为三截 2026-03-29 4/200 2026-03-29 15:01 by 唐沐儿
[考研] 352分-085602-一志愿985 +5 海纳百川Ly 2026-03-29 5/250 2026-03-29 09:57 by Sjndkwm
[硕博家园] 招收生物学/细胞生物学调剂 +4 IceGuo 2026-03-26 5/250 2026-03-29 01:25 by griffith2014
[考研] 复试调剂 +3 raojunqi0129 2026-03-28 3/150 2026-03-28 15:27 by 落睿可思
[考研] 一志愿中南大学化学0703总分337求调剂 +5 niko- 2026-03-27 5/250 2026-03-28 14:25 by 唐沐儿
[考研] 317求调剂 +6 十闲wx 2026-03-24 6/300 2026-03-28 13:27 by Iveryant
[考研] 0703一志愿9，初试成绩：338，四六级已过，有科研经历，求调剂！ +4 Zuhui0306 2026-03-25 4/200 2026-03-28 13:07 by 唐沐儿
[考研] 291求调剂 +15 hhhhxn.. 2026-03-23 21/1050 2026-03-28 11:26 by self2008
[考研] 274求调剂 +17 顾九笙要谦虚 2026-03-24 23/1150 2026-03-27 15:16 by caszguilin
[考研] 085600，材料与化工321分调剂 +4 大馋小子 2026-03-27 6/300 2026-03-27 14:11 by 松花缸1201
[考研] 一志愿郑大085600，310分求调剂 +5 李潇可 2026-03-26 5/250 2026-03-27 11:14 by 不吃魚的貓
[考研] 336材料求调剂 +7 陈滢莹 2026-03-26 9/450 2026-03-27 00:20 by wxiongid
[考研] 中国科学院深圳先进技术研究院-光纤传感课题组招生-中国科学院大学、深圳理工大学联培 +5 YangTyu1 2026-03-26 5/250 2026-03-26 18:27 by 猫咪猫咪呀
[考研] 材料考研调剂生 +3 黄粱一梦千年 2026-03-24 3/150 2026-03-24 17:00 by barlinike
[考研] 一志愿南航材料专317分求调剂 +5 炸呀炸呀炸薯条 2026-03-23 5/250 2026-03-24 16:52 by 星空星月
[考研] 335求调剂 +4 yuyu宇 2026-03-23 5/250 2026-03-23 23:49 by Txy@872106
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境，总分308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-23 8/400 2026-03-23 20:36 by Creta
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭