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wyysunshine

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[求助] Modeltest寻找建树模型求助~~ 已有3人参与

正在做DNA序列分析，用到modeltest寻找建树模型，操作步骤如下：（参考http://blog.sina.com.cn/s/blog_43b74ed60100dexh.html）
1、把序列使用ClustalX 1.83进行比对，然后保存成PAUP识别的格式Nexus，然后导入至PAUP。
2、导入序列之后，在Modeltest的文件夹中，有一个paupblock的文件夹，里面有一个文件叫“modelblockPAUPb10”，然后在paup软件中，file，open，就可以执行这个命令了。就是paup用ML计算不同model下的似然值。如果序列比较多，且长的话，需要计算一阵呢！
3、运行完这步之后，在paupblock文件夹中，会生成一个名为“model.scores”的文件。
4、安装MrMTgui，完成之后，打开界面，在下面会有MT path和PAUP path两个按钮，然后打开，找到Modeltest和paup所在的文件夹，双击他们的安装程序，就可以连接上两个软件了。
5、然后点击左边的按钮“select file”，找到“model.scores”，之后，点击按钮“Modeltest！！”，然后就会出现运行结果了。
6、会出现两个运行结果，一个是hLRT得出的结果，另一个是AIC给出的结果。

问题出在第5步，点击‘modeltest！！’之后，就出现了下面的提示，Execution of command ‘m.bat’ failed （error 2：the system cannot find the file specified.）
好像是说一个文件找不到，但我并没有改动文件夹里的东西啊，运行了好几次都是这样，不知道问题出在哪里

help me plz

modeltest.jpg

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顺其自然~~

1楼 2015-12-04 01:00:44

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雨中的雕塑

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引用回帖:

6楼: Originally posted by wyysunshine at 2015-12-18 23:12:55
已经用过 Jmodeltest 了！但是 Jmodeltest 只能算出来适合最大似然法的模型，没法算贝叶斯的模型，我欲哭无泪。。。要用贝叶斯建树，还是得用 MrMTgui算模型啊。。。...

不明白，谁对你说的，Jmodeltest不能用贝叶斯，BEAST一样用这些参数设定啊，而且算出来的ESS都很好啊，另外在用Mrbayes时候根本不用模型的，只用分段就好了，软件会自动搜索最适合模型的，你见过别人用这个软件还要算Model的吗? 反正我是没见过。另外你说的那个什么的MrMTgui有必要用吗，直接在c盘下运行dos命令窗口，不就算出来你想要的模型了？有那么麻烦吗？甚至自己可以自己做个bat文件，想什么时候用都行啊。。

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我愿天下人：人人得以智慧之光，去开启生命之真谛

8楼2015-12-24 14:07:36

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引用回帖:

8楼: Originally posted by 雨中的雕塑 at 2015-12-24 14:07:36
不明白，谁对你说的，Jmodeltest不能用贝叶斯，BEAST一样用这些参数设定啊，而且算出来的ESS都很好啊，另外在用Mrbayes时候根本不用模型的，只用分段就好了，软件会自动搜索最适合模型的，你见过别人用这个软件还要 ...

恩，谢谢你，是我自己理解错误了。。。已经做完贝叶斯建树了