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z631535213

木虫 (正式写手)

[求助] 引物TM值 已有1人参与

楼前段时间做了个PCR,有个问题一直没想明白:
做的梯度PCR实验。在50度有产物,单一条带,42、44、46、48均什么都没有。楼的理解是退火温度设置较低,可能会导致非特异性扩增,但不应该什么都没有啊。请问下各位是我理解错了还是有遗漏了?

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junior850621

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
可以这样理解:温度太低,非特异性很强,这样就有可能有很多个非特异性位点都可以利用该引物,这样就有若干个(可能多至无限多)非特异性条带。如果这些带太多了,反倒每一个都被稀释到眼不可见的程度。这样就反倒“没有”非特异带了。
2楼2015-12-04 01:06:05
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z631535213

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by junior850621 at 2015-12-04 01:06:05
可以这样理解:温度太低,非特异性很强,这样就有可能有很多个非特异性位点都可以利用该引物,这样就有若干个(可能多至无限多)非特异性条带。如果这些带太多了,反倒每一个都被稀释到眼不可见的程度。这样就反倒“ ...

有这个可能性。但我BLAST过引物和模版,好像不会产生这种情况的

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3楼2015-12-04 06:50:57
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chiden

木虫 (正式写手)

做分子实验,可能性太多,倒是觉得不用太在乎这些,有条带就好了呀

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即使难过,也要微笑着走下去
4楼2015-12-04 07:30:27
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z631535213

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by chiden at 2015-12-04 07:30:27
做分子实验,可能性太多,倒是觉得不用太在乎这些,有条带就好了呀

问题是楼这个实验是多组引物实验中的一部分,最终是要将4对引物配制到一个体系里面。有的引物Tm值需要的比50°低啊
5楼2015-12-04 16:57:00
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