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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » ms建模的细节问题探究
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jingbobobo

新虫 (初入文坛)

[求助] ms建模的细节问题探究

小弟最近在练习用ms进行吸附模型的建立，以石墨狭缝为例子练习了一下，吸附气体选择的是常规的二氧化碳和甲烷混合或者单独吸附，存在的问题是我对气体进行结构优化和驰豫都没问题，把优化好的气体放进模型里面不能进行分子动力学运算，一直报错，显示我能量过大之类的，我把5000往大的调了十倍还是不行，请问改如何解决，是模型有问题，还是我的建模方法就是错的？

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1楼 2015-11-26 18:23:07
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jingbobobo

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2015-11-27 08:43:26
time step改成0.1fs

谢谢，可以计算了，但我感觉模型还是存在问题，建模过程如下：石墨狭缝是导入的石墨结构再做的超晶胞，再用Amorphous cell建立气体分子晶胞，最后两者组合跑分子动力学，这样对不对啊？

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6楼2015-11-27 20:58:33
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橙子学术

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jingbobobo at 2015-11-27 21:01:03
不好意思，在四楼说的
...

哦哦，好的，谢谢啊！
有个问题想问你一下，石墨狭缝是导入的石墨结构再做的超晶胞。这一步能详细解说一下吗？我建立一个晶胞，建了一个碳管，选中一个碳管复制黏贴进晶胞怎么变成了四个，选中一个删除就都没了！
谢谢啊！
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9楼2015-11-28 09:47:46
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
13楼: Originally posted by jingbobobo at 2015-11-30 11:09:10
谢谢，文献里面就是这么做的，可是我总感觉气体分子和石墨狭缝之间的没有相互作用，就只有气体分子在单独跑分子动力学，怎么检查石墨也被赋予了力场啊...

你可以在动力学结果的xsd或者xtd中选择一个原子，查看他的属性里forcefield type有没有值

其实如果有原子没有分配到力场，动力学会出错的
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
14楼2015-11-30 13:49:05
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普通回帖

jingbobobo

新虫 (初入文坛)
各位大牛帮我看看，小弟被这个问题困扰很久了

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2楼2015-11-26 18:24:20
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jingbobobo

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
1楼: Originally posted by jingbobobo at 2015-11-26 18:23:07
小弟最近在练习用ms进行吸附模型的建立，以石墨狭缝为例子练习了一下，吸附气体选择的是常规的二氧化碳和甲烷混合或者单独吸附，存在的问题是我对气体进行结构优化和驰豫都没问题，把优化好的气体放进模型里面不能进 ...

希望做过这方面的前辈能给小弟指引1，2，良辰必有重谢

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3楼2015-11-26 20:54:25
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
time step改成0.1fs
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jingbobobo
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2015-11-27 08:43:26
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橙子学术

银虫 (小有名气)
楼主你好，我也在做吸附，想问一下你这个石墨狭缝或者狭缝碳管怎么建立的啊？谢谢
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5楼2015-11-27 16:30:52
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jingbobobo

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 橙子学术 at 2015-11-27 16:30:52
楼主你好，我也在做吸附，想问一下你这个石墨狭缝或者狭缝碳管怎么建立的啊？谢谢

这个我也是刚做，不知道对不对，方法在三楼说了

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7楼2015-11-27 20:59:20
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jingbobobo

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by jingbobobo at 2015-11-27 20:59:20
这个我也是刚做，不知道对不对，方法在三楼说了
...

不好意思，在四楼说的

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8楼2015-11-27 21:01:03
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jingbobobo

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 橙子学术 at 2015-11-28 09:47:46
哦哦，好的，谢谢啊！
有个问题想问你一下，石墨狭缝是导入的石墨结构再做的超晶胞。这一步能详细解说一下吗？我建立一个晶胞，建了一个碳管，选中一个碳管复制黏贴进晶胞怎么变成了四个，选中一个删除就都没了！ ...

对称性里面有个make p1，点下这个再删除试试，碳纳米管不太清楚

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10楼2015-11-28 10:21:02
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