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jingbobobo

新虫 (初入文坛)

[求助] ms建模的细节问题探究

小弟最近在练习用ms进行吸附模型的建立,以石墨狭缝为例子练习了一下,吸附气体选择的是常规的二氧化碳和甲烷混合或者单独吸附,存在的问题是我对气体进行结构优化和驰豫都没问题,把优化好的气体放进模型里面不能进行分子动力学运算,一直报错,显示我能量过大之类的,我把5000往大的调了十倍还是不行,请问改如何解决,是模型有问题,还是我的建模方法就是错的?

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jingbobobo

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2015-11-27 08:43:26
time step改成0.1fs

谢谢,可以计算了,但我感觉模型还是存在问题,建模过程如下:石墨狭缝是导入的石墨结构再做的超晶胞,再用Amorphous cell建立气体分子晶胞,最后两者组合跑分子动力学,这样对不对啊?

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6楼2015-11-27 20:58:33
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橙子学术

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by jingbobobo at 2015-11-27 21:01:03
不好意思,在四楼说的
...

哦哦,好的,谢谢啊!
有个问题想问你一下,石墨狭缝是导入的石墨结构再做的超晶胞。这一步能详细解说一下吗?我建立一个晶胞,建了一个碳管,选中一个碳管复制黏贴进晶胞怎么变成了四个,选中一个删除就都没了!
谢谢啊!
9楼2015-11-28 09:47:46
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

引用回帖:
13楼: Originally posted by jingbobobo at 2015-11-30 11:09:10
谢谢,文献里面就是这么做的,可是我总感觉气体分子和石墨狭缝之间的没有相互作用,就只有气体分子在单独跑分子动力学,怎么检查石墨也被赋予了力场啊...

你可以在动力学结果的xsd或者xtd中选择一个原子,查看他的属性里forcefield type有没有值

其实如果有原子没有分配到力场,动力学会出错的
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
14楼2015-11-30 13:49:05
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普通回帖

jingbobobo

新虫 (初入文坛)

各位大牛帮我看看,小弟被这个问题困扰很久了

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2楼2015-11-26 18:24:20
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jingbobobo

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
1楼: Originally posted by jingbobobo at 2015-11-26 18:23:07
小弟最近在练习用ms进行吸附模型的建立,以石墨狭缝为例子练习了一下,吸附气体选择的是常规的二氧化碳和甲烷混合或者单独吸附,存在的问题是我对气体进行结构优化和驰豫都没问题,把优化好的气体放进模型里面不能进 ...

希望做过这方面的前辈能给小弟指引1,2,良辰必有重谢

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3楼2015-11-26 20:54:25
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

time step改成0.1fs

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#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2015-11-27 08:43:26
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橙子学术

银虫 (小有名气)

楼主你好,我也在做吸附,想问一下你这个石墨狭缝或者狭缝碳管怎么建立的啊?谢谢
5楼2015-11-27 16:30:52
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jingbobobo

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 橙子学术 at 2015-11-27 16:30:52
楼主你好,我也在做吸附,想问一下你这个石墨狭缝或者狭缝碳管怎么建立的啊?谢谢

这个我也是刚做,不知道对不对,方法在三楼说了

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7楼2015-11-27 20:59:20
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jingbobobo

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by jingbobobo at 2015-11-27 20:59:20
这个我也是刚做,不知道对不对,方法在三楼说了
...

不好意思,在四楼说的

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8楼2015-11-27 21:01:03
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jingbobobo

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 橙子学术 at 2015-11-28 09:47:46
哦哦,好的,谢谢啊!
有个问题想问你一下,石墨狭缝是导入的石墨结构再做的超晶胞。这一步能详细解说一下吗?我建立一个晶胞,建了一个碳管,选中一个碳管复制黏贴进晶胞怎么变成了四个,选中一个删除就都没了! ...

对称性里面有个make p1,点下这个再删除试试,碳纳米管不太清楚

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10楼2015-11-28 10:21:02
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