24小时热门版块排行榜    

查看: 1997  |  回复: 15

jingbobobo

新虫 (初入文坛)

[求助] ms建模的细节问题探究

小弟最近在练习用ms进行吸附模型的建立,以石墨狭缝为例子练习了一下,吸附气体选择的是常规的二氧化碳和甲烷混合或者单独吸附,存在的问题是我对气体进行结构优化和驰豫都没问题,把优化好的气体放进模型里面不能进行分子动力学运算,一直报错,显示我能量过大之类的,我把5000往大的调了十倍还是不行,请问改如何解决,是模型有问题,还是我的建模方法就是错的?

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jingbobobo

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2015-11-27 08:43:26
time step改成0.1fs

谢谢,可以计算了,但我感觉模型还是存在问题,建模过程如下:石墨狭缝是导入的石墨结构再做的超晶胞,再用Amorphous cell建立气体分子晶胞,最后两者组合跑分子动力学,这样对不对啊?

发自小木虫Android客户端
6楼2015-11-27 20:58:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

橙子学术

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by jingbobobo at 2015-11-27 21:01:03
不好意思,在四楼说的
...

哦哦,好的,谢谢啊!
有个问题想问你一下,石墨狭缝是导入的石墨结构再做的超晶胞。这一步能详细解说一下吗?我建立一个晶胞,建了一个碳管,选中一个碳管复制黏贴进晶胞怎么变成了四个,选中一个删除就都没了!
谢谢啊!
9楼2015-11-28 09:47:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

引用回帖:
13楼: Originally posted by jingbobobo at 2015-11-30 11:09:10
谢谢,文献里面就是这么做的,可是我总感觉气体分子和石墨狭缝之间的没有相互作用,就只有气体分子在单独跑分子动力学,怎么检查石墨也被赋予了力场啊...

你可以在动力学结果的xsd或者xtd中选择一个原子,查看他的属性里forcefield type有没有值

其实如果有原子没有分配到力场,动力学会出错的
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
14楼2015-11-30 13:49:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

jingbobobo

新虫 (初入文坛)

各位大牛帮我看看,小弟被这个问题困扰很久了

发自小木虫Android客户端
2楼2015-11-26 18:24:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jingbobobo

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
1楼: Originally posted by jingbobobo at 2015-11-26 18:23:07
小弟最近在练习用ms进行吸附模型的建立,以石墨狭缝为例子练习了一下,吸附气体选择的是常规的二氧化碳和甲烷混合或者单独吸附,存在的问题是我对气体进行结构优化和驰豫都没问题,把优化好的气体放进模型里面不能进 ...

希望做过这方面的前辈能给小弟指引1,2,良辰必有重谢

发自小木虫Android客户端
3楼2015-11-26 20:54:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

time step改成0.1fs

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2015-11-27 08:43:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

橙子学术

银虫 (小有名气)

楼主你好,我也在做吸附,想问一下你这个石墨狭缝或者狭缝碳管怎么建立的啊?谢谢
5楼2015-11-27 16:30:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jingbobobo

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 橙子学术 at 2015-11-27 16:30:52
楼主你好,我也在做吸附,想问一下你这个石墨狭缝或者狭缝碳管怎么建立的啊?谢谢

这个我也是刚做,不知道对不对,方法在三楼说了

发自小木虫Android客户端
7楼2015-11-27 20:59:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jingbobobo

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by jingbobobo at 2015-11-27 20:59:20
这个我也是刚做,不知道对不对,方法在三楼说了
...

不好意思,在四楼说的

发自小木虫Android客户端
8楼2015-11-27 21:01:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jingbobobo

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 橙子学术 at 2015-11-28 09:47:46
哦哦,好的,谢谢啊!
有个问题想问你一下,石墨狭缝是导入的石墨结构再做的超晶胞。这一步能详细解说一下吗?我建立一个晶胞,建了一个碳管,选中一个碳管复制黏贴进晶胞怎么变成了四个,选中一个删除就都没了! ...

对称性里面有个make p1,点下这个再删除试试,碳纳米管不太清楚

发自小木虫Android客户端
10楼2015-11-28 10:21:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jingbobobo 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 8/400 2026-08-28 08:26 by lfy8008
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+5) +11 晴天加油 2026-08-26 12/600 2026-08-28 01:22 by li09465290@
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +7 苏东坡二世 2026-08-23 7/350 2026-08-27 18:14 by 瞬息宇宙
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 系统查不到 +10 董八千 2026-08-26 10/500 2026-08-26 16:30 by Equinoxhua
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 国合现在查不到了吗? +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
信息提示
请填处理意见