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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 请问应该如何进行VMD配位数着色，
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lirry1991

铜虫 (初入文坛)

[求助] 请问应该如何进行VMD配位数着色， 已有2人参与

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哎哎哎

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1楼 2015-11-23 15:49:59
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luftf

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
参加这个帖子，里面有详细解释：
http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=20716
========================================
最近论坛里许多朋友都想使用vmd来显示lammps运算中原子的辅助性质，比如将原子根据其应力、能量、温度等辅助性质进行着色，下面的帖子进行了很详细的讨论http://www.mdbbs.org/viewthread. ... ;amp;highlight=user
在这个帖子的基础上我分享一下具体的实现过程。

1>首先要在lammps的input script里设定要输出的辅助性质并将其输出。这里我们以中心对称参数csp为例
.................
compute   csp   all   centro/atom
.................
dump        pe   all   custom   1000   dump.pe   id type x y z c_csp

2>将得到的dump.csp文件使用附件里的csp2pdb.awk工具转换为PDB格式
gawk -f csp2pdb.awk dump.csp > dump.csp.pdb

3>为了使用vmd里的user选项来使原子根据csp值进行着色，需要通过附件里的pdbofactor.tcl工具将PDB格式里的bfactor转换成vmd里的user。操作如下：
打开vmd后，在vmd的命令行里依次敲入以下两行命令即可读入转换后的PDB文件：
source pdbofactor.tcl
pdbofactor dump.csp.pdb
(注意：需要先进入到包含pdbofactor.tcl和dump.csp.pdb的路径)

4>接下来就是使用user来使原子根据其csp值显示颜色了。
Graphical Representations窗口里，draw style里的coloring method选择user，这个时候图形里的原子就会根据csp值来显示不同颜色了。
你也可以在Trajectory里调整Color scale data range来调整color map以达到最好的显示效果。
下图就是我使用vmd显示的Ni3Al纳米压痕过程的一个图片。
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2楼2015-11-23 19:57:13
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xbb20121991

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lirry1991: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-12-04 11:16:20
楼上说的这个之外，我之前还找到了另两个处理办法跟大家分享。
http://dxli75.blog.163.com/blog/static/106768289201032004249763/
这个需要把你着色那行参数单独提取出来
http://blog.sciencenet.cn/blog-566436-823784.html
这个对应则可以直接对于lammpstrj这类轨迹文件直接计算
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2015-11-24 06:53:57
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