| 查看: 2930 | 回复: 2 | |||
lirry1991铜虫 (初入文坛)
|
[求助]
请问应该如何进行VMD配位数着色， 已有2人参与
|
| RT |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 哎哎哎 |
» 猜你喜欢
AI 太可怕了，写基金时，提出想法，直接生成的文字比自己想得深远，还有科学性
已经有6人回复
-
有院领导为了换新车，用横向课题经费买了俩车
已经有9人回复
-
酰胺脱乙酰基
已经有13人回复
-
博士延得我，科研能力直往上蹿
已经有8人回复
-
同年申请2项不同项目，第1个项目里不写第2个项目的信息，可以吗
已经有4人回复
-
有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福
已经有10人回复
-
天津大学招2026.09的博士生，欢迎大家推荐交流（博导是本人）
已经有5人回复
-
遇见不省心的家人很难过
已经有22人回复
luftf
木虫 (正式写手)
- 应助: 51 (初中生)
- 金币: 3257.7
- 散金: 685
- 红花: 19
- 帖子: 541
- 在线: 200.2小时
- 虫号: 821742
- 注册: 2009-08-04
- 性别: GG
- 专业: 金属材料的力学行为
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
|
参加这个帖子，里面有详细解释： http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=20716 ======================================== 最近论坛里许多朋友都想使用vmd来显示lammps运算中原子的辅助性质，比如将原子根据其应力、能量、温度等辅助性质进行着色，下面的帖子进行了很详细的讨论http://www.mdbbs.org/viewthread. ... ;amp;highlight=user 在这个帖子的基础上我分享一下具体的实现过程。 1>首先要在lammps的input script里设定要输出的辅助性质并将其输出。这里我们以中心对称参数csp为例 ................. compute csp all centro/atom ................. dump pe all custom 1000 dump.pe id type x y z c_csp 2>将得到的dump.csp文件使用附件里的csp2pdb.awk工具转换为PDB格式 gawk -f csp2pdb.awk dump.csp > dump.csp.pdb 3>为了使用vmd里的user选项来使原子根据csp值进行着色，需要通过附件里的pdbofactor.tcl工具将PDB格式里的bfactor转换成vmd里的user。操作如下： 打开vmd后，在vmd的命令行里依次敲入以下两行命令即可读入转换后的PDB文件： source pdbofactor.tcl pdbofactor dump.csp.pdb (注意：需要先进入到包含pdbofactor.tcl和dump.csp.pdb的路径) 4>接下来就是使用user来使原子根据其csp值显示颜色了。 Graphical Representations窗口里，draw style里的coloring method选择user，这个时候图形里的原子就会根据csp值来显示不同颜色了。 你也可以在Trajectory里调整Color scale data range来调整color map以达到最好的显示效果。 下图就是我使用vmd显示的Ni3Al纳米压痕过程的一个图片。 |
2楼2015-11-23 19:57:13
xbb20121991
银虫 (小有名气)
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 443.6
- 红花: 7
- 帖子: 140
- 在线: 114.1小时
- 虫号: 3435358
- 注册: 2014-09-23
- 专业: 金属材料的微观结构
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lirry1991: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-12-04 11:16:20
感谢参与，应助指数 +1
lirry1991: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-12-04 11:16:20
|
楼上说的这个之外，我之前还找到了另两个处理办法跟大家分享。 http://dxli75.blog.163.com/blog/static/106768289201032004249763/ 这个需要把你着色那行参数单独提取出来 http://blog.sciencenet.cn/blog-566436-823784.html 这个对应则可以直接对于lammpstrj这类轨迹文件直接计算 |
3楼2015-11-24 06:53:57