24小时热门版块排行榜    

查看: 3122  |  回复: 2
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

1970-01-01 08:00:00
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

xbb20121991

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lirry1991: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-12-04 11:16:20
楼上说的这个之外,我之前还找到了另两个处理办法跟大家分享。
http://dxli75.blog.163.com/blog/static/106768289201032004249763/
这个需要把你着色那行参数单独提取出来
http://blog.sciencenet.cn/blog-566436-823784.html
这个对应则可以直接对于lammpstrj这类轨迹文件直接计算
3楼2015-11-24 06:53:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答

luftf

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
参加这个帖子,里面有详细解释:
http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=20716
========================================
最近论坛里许多朋友都想使用vmd来显示lammps运算中原子的辅助性质,比如将原子根据其应力、能量、温度等辅助性质进行着色,下面的帖子进行了很详细的讨论http://www.mdbbs.org/viewthread. ... ;amp;highlight=user
在这个帖子的基础上我分享一下具体的实现过程。

1>首先要在lammps的input script里设定要输出的辅助性质并将其输出。这里我们以中心对称参数csp为例
.................
compute   csp   all   centro/atom
.................
dump        pe   all   custom   1000   dump.pe   id type x y z c_csp

2>将得到的dump.csp文件使用附件里的csp2pdb.awk工具转换为PDB格式
gawk -f csp2pdb.awk dump.csp > dump.csp.pdb

3>为了使用vmd里的user选项来使原子根据csp值进行着色,需要通过附件里的pdbofactor.tcl工具将PDB格式里的bfactor转换成vmd里的user。操作如下:
打开vmd后,在vmd的命令行里依次敲入以下两行命令即可读入转换后的PDB文件:
source pdbofactor.tcl
pdbofactor dump.csp.pdb
(注意:需要先进入到包含pdbofactor.tcl和dump.csp.pdb的路径)

4>接下来就是使用user来使原子根据其csp值显示颜色了。
Graphical Representations窗口里,draw style里的coloring method选择user,这个时候图形里的原子就会根据csp值来显示不同颜色了。
你也可以在Trajectory里调整Color scale data range来调整color map以达到最好的显示效果。
下图就是我使用vmd显示的Ni3Al纳米压痕过程的一个图片。
2楼2015-11-23 19:57:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +16 爱看书的可乐 2026-08-26 18/900 2026-08-29 19:48 by winsaint
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 3/150 2026-08-29 18:59 by 4FFAWE8HcgUD
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +5 德尚中行 2026-08-27 6/300 2026-08-29 18:10 by manplx
[博后之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-29 18:04 by 4FFAWE8HcgUD
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +4 tannykie 2026-08-29 4/200 2026-08-29 17:14 by lmz0216
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 10/500 2026-08-29 16:49 by zICmwzsBXjbN
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 13:51 by jCd0dEvKHShX
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:29 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 9/450 2026-08-29 09:59 by jklily
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
请填处理意见