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lirry1991铜虫 (初入文坛)
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请问应该如何进行VMD配位数着色， 已有2人参与
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 哎哎哎 |
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luftf
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【答案】应助回帖
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参加这个帖子，里面有详细解释： http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=20716 ======================================== 最近论坛里许多朋友都想使用vmd来显示lammps运算中原子的辅助性质，比如将原子根据其应力、能量、温度等辅助性质进行着色，下面的帖子进行了很详细的讨论http://www.mdbbs.org/viewthread. ... ;amp;highlight=user 在这个帖子的基础上我分享一下具体的实现过程。 1>首先要在lammps的input script里设定要输出的辅助性质并将其输出。这里我们以中心对称参数csp为例 ................. compute csp all centro/atom ................. dump pe all custom 1000 dump.pe id type x y z c_csp 2>将得到的dump.csp文件使用附件里的csp2pdb.awk工具转换为PDB格式 gawk -f csp2pdb.awk dump.csp > dump.csp.pdb 3>为了使用vmd里的user选项来使原子根据csp值进行着色，需要通过附件里的pdbofactor.tcl工具将PDB格式里的bfactor转换成vmd里的user。操作如下： 打开vmd后，在vmd的命令行里依次敲入以下两行命令即可读入转换后的PDB文件： source pdbofactor.tcl pdbofactor dump.csp.pdb (注意：需要先进入到包含pdbofactor.tcl和dump.csp.pdb的路径) 4>接下来就是使用user来使原子根据其csp值显示颜色了。 Graphical Representations窗口里，draw style里的coloring method选择user，这个时候图形里的原子就会根据csp值来显示不同颜色了。 你也可以在Trajectory里调整Color scale data range来调整color map以达到最好的显示效果。 下图就是我使用vmd显示的Ni3Al纳米压痕过程的一个图片。 |
2楼2015-11-23 19:57:13
xbb20121991
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【答案】应助回帖
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lirry1991: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-12-04 11:16:20
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楼上说的这个之外，我之前还找到了另两个处理办法跟大家分享。 http://dxli75.blog.163.com/blog/static/106768289201032004249763/ 这个需要把你着色那行参数单独提取出来 http://blog.sciencenet.cn/blog-566436-823784.html 这个对应则可以直接对于lammpstrj这类轨迹文件直接计算 |
3楼2015-11-24 06:53:57
