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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » cif文件中的原子电荷分配
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明-明-

金虫 (小有名气)

[求助] cif文件中的原子电荷分配 已有2人参与

我在数据库中找到了伊利石的cif文件，导入MS后，先点击calculate bonds，每个原子的电荷为零，然后没有进行手动分配电荷，构建超胞后，根据文献，采用UFF力场，Qeq算法来对其进行优化，然后就出现报错了。  
This periodic system bears a net charge (-64.000000e) and the
QEq calculation cannot be performed.
This periodic system bears a net charge (-64.000000e) and the
QEq calculation cannot be performed.
Unable to calculate energy and gradients.
Geometry optimization finished with an error condition.
查看报错后的晶体文件，每个原子的力场类型都分配了，但是charge还是为零，用compass力场就不会出现这种现象，优化后原子的电荷、力场均分配了。但查文献，一般是用UFF+Qeq来进行优化以及后续的吸附计算，请问这是什么原因？新人求助。。。是找来的cif文件构建晶体模型时都必须先手动分配原子电荷信息吗？
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互相交流，互相学习
1楼 2015-11-19 09:00:03
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李学oo

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 明-明- at 2016-01-10 16:27:35
已经私信回复你了，你看一下吧。...

我也是遇到了这个问题，同求解决方法，另外我想问一下知道原子坐标的情况下，羟基是怎么添加的？
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22楼2018-05-10 16:33:43
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xie158795

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
明-明-: 金币+1, ★有帮助 2015-11-19 16:22:22
你好！应该先初始化既先赋予电荷，再去优化！你有没有学过雅可比迭代，也要先赋予初始值的！同是想问问你的cif文件是在哪找到的？？？

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愿同志同道和的人前行！
2楼2015-11-19 15:00:15
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明-明-

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xie158795 at 2015-11-19 15:00:15
你好！应该先初始化既先赋予电荷，再去优化！你有没有学过雅可比迭代，也要先赋予初始值的！同是想问问你的cif文件是在哪找到的？？？

我再问一下，赋予电荷是需要我查文献，找到各个原子的电荷信息后，直接在properties里面的charge中直接改吗？还是用某一task直接赋予电荷，看文章里（关于蒙脱石的）是说引用的电荷参数。 但优化时选择compass,以及forcefield assigned,正常运行，优化后电荷，力场都有了。  晶体文件是在这个网站上找的http://www.crystallography.net/index.php
另外，Findit软件中也可以找到，直接生成cif文件。我装的08版
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互相交流，互相学习
3楼2015-11-19 16:21:49
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xie158795

金虫 (小有名气)
直接改听我师兄说，好像是不行的，应该用某种规折赋予，不然后期会模拟不下去

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愿同志同道和的人前行！
4楼2015-11-20 08:18:12
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