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明-明-金虫 (小有名气)
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cif文件中的原子电荷分配 已有2人参与
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我在数据库中找到了伊利石的cif文件，导入MS后，先点击calculate bonds，每个原子的电荷为零，然后没有进行手动分配电荷，构建超胞后，根据文献，采用UFF力场，Qeq算法来对其进行优化，然后就出现报错了。 This periodic system bears a net charge (-64.000000e) and the QEq calculation cannot be performed. This periodic system bears a net charge (-64.000000e) and the QEq calculation cannot be performed. Unable to calculate energy and gradients. Geometry optimization finished with an error condition. 查看报错后的晶体文件，每个原子的力场类型都分配了，但是charge还是为零，用compass力场就不会出现这种现象，优化后原子的电荷、力场均分配了。但查文献，一般是用UFF+Qeq来进行优化以及后续的吸附计算，请问这是什么原因？新人求助。。。是找来的cif文件构建晶体模型时都必须先手动分配原子电荷信息吗？ |
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【答案】应助回帖
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明-明-: 金币+1, ★有帮助 2015-11-19 16:22:22
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你好！应该先初始化既先赋予电荷，再去优化！你有没有学过雅可比迭代，也要先赋予初始值的！同是想问问你的cif文件是在哪找到的？？？ 发自小木虫Android客户端 |
2楼2015-11-19 15:00:15
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