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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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benniu2004

超级版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

[求助] amber 教程3.5中,无法生成复合体的参数文件 已有1人参与

在amber的教程3.5中,http://ambermd.org/tutorials/adv ... script/section5.htm, 下载了复合体的pdb文件Estrogen_Receptor-Raloxifene.pdb,然后拆出蛋白和小分子两个部分。在生成.inpcrd时,蛋白和小分子两部分都没有问题,但是在生成复合体的参数文件时总是报错:
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<O16 19> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C17 20> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C22 21> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C21 22> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C18 23> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C19 24> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C20 25> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<O23 26> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C24 27> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C25 28> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<N26 29> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C27 30> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C28 31> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C29 32> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C30 33> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C31 34> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<H1 35> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<H2 36> does not have a type.
有没有知道问题原因的虫友?望不吝赐教
我用的tleap输入文件是:
source /root/amber14/dat/leap/cmd/oldff/leaprc.ff99SB
source leaprc.gaff
com = loadpdb  Estrogen_Receptor-Ral.pdb
pro = loadpdb receptor.pdb
RAL = loadmol2 RAL.mol2
loadamberparams RAL.frcmod

set default PBRadii mbondi2
saveamberparm com complex.prmtop complex.inpcrd
saveamberparm pro receptor.prmtop receptor.inpcrd
saveamberparm RAL ligand.prmtop ligand.inpcrd
charge com
addions com  Na+ 7

solvatebox com TIP3PBOX 12.0
saveamberparm com complex_solvated.prmtop complex_solvated.inpcrd
quit
多谢了!
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benniu2004

专家顾问

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
2楼: Originally posted by hdx1991 at 2015-11-13 12:16:20
是不是顺序错了,先加载小分子

多谢了,确实是这样的,把load的顺序调换一下就可以了。我怎么把金币给你?
6楼2015-11-16 09:17:20
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hdx1991

版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

是不是顺序错了,先加载小分子

发自小木虫Android客户端
2楼2015-11-13 12:16:20
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背包旅客

版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

我也是这样,还没找到解决办法。。。
3楼2015-11-13 21:35:03
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JHzhu

实习版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

4楼2015-11-14 17:16:08
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