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benniu2004新虫 (小有名气)
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amber 教程3.5中，无法生成复合体的参数文件 已有1人参与
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在amber的教程3.5中，http://ambermd.org/tutorials/adv ... script/section5.htm， 下载了复合体的pdb文件Estrogen_Receptor-Raloxifene.pdb，然后拆出蛋白和小分子两个部分。在生成.inpcrd时，蛋白和小分子两部分都没有问题，但是在生成复合体的参数文件时总是报错： FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<O16 19> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C17 20> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C22 21> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C21 22> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C18 23> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C19 24> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C20 25> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<O23 26> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C24 27> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C25 28> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<N26 29> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C27 30> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C28 31> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C29 32> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C30 33> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C31 34> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<H1 35> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<H2 36> does not have a type. 有没有知道问题原因的虫友？望不吝赐教  我用的tleap输入文件是： source /root/amber14/dat/leap/cmd/oldff/leaprc.ff99SB source leaprc.gaff com = loadpdb Estrogen_Receptor-Ral.pdb pro = loadpdb receptor.pdb RAL = loadmol2 RAL.mol2 loadamberparams RAL.frcmod set default PBRadii mbondi2 saveamberparm com complex.prmtop complex.inpcrd saveamberparm pro receptor.prmtop receptor.inpcrd saveamberparm RAL ligand.prmtop ligand.inpcrd charge com addions com Na+ 7 solvatebox com TIP3PBOX 12.0 saveamberparm com complex_solvated.prmtop complex_solvated.inpcrd quit 多谢了！ |
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