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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber 教程3.5中，无法生成复合体的参数文件
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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benniu2004

新虫 (小有名气)

[求助] amber 教程3.5中，无法生成复合体的参数文件 已有1人参与

在amber的教程3.5中，http://ambermd.org/tutorials/adv ... script/section5.htm， 下载了复合体的pdb文件Estrogen_Receptor-Raloxifene.pdb，然后拆出蛋白和小分子两个部分。在生成.inpcrd时，蛋白和小分子两部分都没有问题，但是在生成复合体的参数文件时总是报错：
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<O16 19> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C17 20> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C22 21> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C21 22> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C18 23> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C19 24> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C20 25> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<O23 26> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C24 27> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C25 28> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<N26 29> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C27 30> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C28 31> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C29 32> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C30 33> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<C31 34> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<H1 35> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<RAL 241>.A<H2 36> does not have a type.
有没有知道问题原因的虫友？望不吝赐教
我用的tleap输入文件是：
source /root/amber14/dat/leap/cmd/oldff/leaprc.ff99SB
source leaprc.gaff
com = loadpdb  Estrogen_Receptor-Ral.pdb
pro = loadpdb receptor.pdb
RAL = loadmol2 RAL.mol2
loadamberparams RAL.frcmod

set default PBRadii mbondi2
saveamberparm com complex.prmtop complex.inpcrd
saveamberparm pro receptor.prmtop receptor.inpcrd
saveamberparm RAL ligand.prmtop ligand.inpcrd
charge com
addions com  Na+ 7

solvatebox com TIP3PBOX 12.0
saveamberparm com complex_solvated.prmtop complex_solvated.inpcrd
quit
多谢了！
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1楼 2015-11-13 11:21:01
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hdx1991

新虫 (著名写手)
是不是顺序错了，先加载小分子

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2楼2015-11-13 12:16:20
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背包旅客

新虫 (初入文坛)
我也是这样，还没找到解决办法。。。
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3楼2015-11-13 21:35:03
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JHzhu

新虫 (初入文坛)
同问！

发自小木虫IOS客户端
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4楼2015-11-14 17:16:08
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qianxiong

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
benniu2004: 金币+5, ★有帮助, 虽然产生问题的原因不是这个，仍然感谢回复。这个也是准备过程中应该注意的问题。依然把金币给您。非常感谢！ 2015-11-16 09:18:34
我猜可能是的mol文件的分子名字与com中小分子的名字即resname不同造成
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戒微博
5楼2015-11-14 20:24:25
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benniu2004

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hdx1991 at 2015-11-13 12:16:20
是不是顺序错了，先加载小分子

多谢了，确实是这样的，把load的顺序调换一下就可以了。我怎么把金币给你？
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6楼2015-11-16 09:17:20
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benniu2004

新虫 (小有名气)
正解在二楼，感谢大家的帮助！
赞一下 回复此楼
7楼2015-11-16 09:19:04
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hdx1991

新虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by benniu2004 at 2015-11-16 09:17:20
多谢了，确实是这样的，把load的顺序调换一下就可以了。我怎么把金币给你？...

我也是新手只要大家多多讨论就行了

发自小木虫Android客户端
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8楼2015-11-16 12:15:30
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