| 查看: 1340 | 回复: 7 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
benniu2004专家顾问
|
[求助]
amber 教程3.5中，无法生成复合体的参数文件 已有1人参与
|
|
|
在amber的教程3.5中，http://ambermd.org/tutorials/adv ... script/section5.htm， 下载了复合体的pdb文件Estrogen_Receptor-Raloxifene.pdb，然后拆出蛋白和小分子两个部分。在生成.inpcrd时，蛋白和小分子两部分都没有问题，但是在生成复合体的参数文件时总是报错： FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<O16 19> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C17 20> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C22 21> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C21 22> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C18 23> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C19 24> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C20 25> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<O23 26> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C24 27> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C25 28> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<N26 29> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C27 30> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C28 31> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C29 32> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C30 33> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C31 34> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<H1 35> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<H2 36> does not have a type. 有没有知道问题原因的虫友？望不吝赐教  我用的tleap输入文件是： source /root/amber14/dat/leap/cmd/oldff/leaprc.ff99SB source leaprc.gaff com = loadpdb Estrogen_Receptor-Ral.pdb pro = loadpdb receptor.pdb RAL = loadmol2 RAL.mol2 loadamberparams RAL.frcmod set default PBRadii mbondi2 saveamberparm com complex.prmtop complex.inpcrd saveamberparm pro receptor.prmtop receptor.inpcrd saveamberparm RAL ligand.prmtop ligand.inpcrd charge com addions com Na+ 7 solvatebox com TIP3PBOX 12.0 saveamberparm com complex_solvated.prmtop complex_solvated.inpcrd quit 多谢了！ |
回复此楼» 猜你喜欢
材料调剂
已经有3人回复
-
085602化学工程268分蹲调剂
已经有3人回复
-
一志愿北交材料工程总分358
已经有6人回复
-
085600，321分求调剂
已经有11人回复
-
博一被送出联培感觉不适应怎么办
已经有3人回复
-
生物学296求调剂
已经有14人回复
-
材料专业求调剂
已经有3人回复
-
环境工程调剂
已经有7人回复
-
材料科学与工程339求调剂
已经有7人回复
-
318求调剂
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
3楼2015-11-13 21:35:03
hdx1991
兑换贵宾
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 15423.3
- 散金: 1277
- 红花: 9
- 沙发: 5
- 帖子: 2782
- 在线: 216.7小时
- 虫号: 4093952
- 注册: 2015-09-22
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
2楼2015-11-13 12:16:20
4楼2015-11-14 17:16:08
qianxiong
超级版主
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 1882.2
- 红花: 3
- 帖子: 75
- 在线: 110.5小时
- 虫号: 1641543
- 注册: 2012-02-25
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
5楼2015-11-14 20:24:25
