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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 请问关于blast
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cohnii

银虫 (小有名气)

[交流] 请问关于blast

我在做菌种鉴定，18S序列已经测出来，准备在NCBI的数据库上进行blast，但是好像有很多个数据库要选，不知道选哪个合适，因为出来的结果都非常的多。有没有人可以指点一下？一般用18S比对鉴定菌种是，都选哪数据库呢？谢谢！
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1楼 2008-09-13 10:40:45
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chenjiong

铁虫 (初入文坛)
★
cohnii(金币+1,VIP+0):
nucleotide blast  这个是核酸和核酸的之间的比较的。建议楼主用这个比较
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2楼2008-09-13 10:58:08
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cohnii

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by chenjiong at 2008-9-13 10:58:
nucleotide blast  这个是核酸和核酸的之间的比较的。建议楼主用这个比较

是用的这块，进去之后，吧我的序列输入后，下面还有个选择数据库，例如：Nucleotide collection;NCBI genomes; sequence tagged sited; 等选项，要选哪个呢？
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3楼2008-09-13 11:06:49
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微笑漩涡

新虫 (著名写手)
collection   genome 是基因组'后面那个是序列标签位点.collection正解

[ Last edited by 微笑漩涡 on 2008-9-13 at 11:30 ]
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4楼2008-09-13 11:29:46
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anquren

金虫 (正式写手)
★ ★
cohnii(金币+2,VIP+0):
引用回帖:
Originally posted by cohnii at 2008-9-13 11:06:


是用的这块，进去之后，吧我的序列输入后，下面还有个选择数据库，例如：Nucleotide collection;NCBI genomes; sequence tagged sited; 等选项，要选哪个呢？

根据你的目的，应该选Nucleotide collection
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5楼2008-09-13 11:37:25
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