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cohnii

银虫 (小有名气)

[交流] 请问关于blast

我在做菌种鉴定,18S序列已经测出来,准备在NCBI的数据库上进行blast,但是好像有很多个数据库要选,不知道选哪个合适,因为出来的结果都非常的多。有没有人可以指点一下?一般用18S比对鉴定菌种是,都选哪数据库呢?谢谢!
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chenjiong

铁虫 (初入文坛)


cohnii(金币+1,VIP+0):
nucleotide blast  这个是核酸和核酸的之间的比较的。建议楼主用这个比较
2楼2008-09-13 10:58:08
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cohnii

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by chenjiong at 2008-9-13 10:58:
nucleotide blast  这个是核酸和核酸的之间的比较的。建议楼主用这个比较

是用的这块,进去之后,吧我的序列输入后,下面还有个选择数据库,例如:Nucleotide collection;NCBI genomes; sequence tagged sited; 等选项,要选哪个呢?
3楼2008-09-13 11:06:49
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微笑漩涡

新虫 (著名写手)

collection   genome 是基因组'后面那个是序列标签位点.collection正解

[ Last edited by 微笑漩涡 on 2008-9-13 at 11:30 ]
4楼2008-09-13 11:29:46
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anquren

金虫 (正式写手)

★ ★
cohnii(金币+2,VIP+0):
引用回帖:
Originally posted by cohnii at 2008-9-13 11:06:


是用的这块,进去之后,吧我的序列输入后,下面还有个选择数据库,例如:Nucleotide collection;NCBI genomes; sequence tagged sited; 等选项,要选哪个呢?

根据你的目的,应该选Nucleotide collection
5楼2008-09-13 11:37:25
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