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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 发现一个很奇怪的现象，同样引物，条件，体系，cDNA能扩出来，gDNA扩不出。。。
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苯丙氨酸-PAL

银虫 (小有名气)

[交流] 发现一个很奇怪的现象，同样引物，条件，体系，cDNA能扩出来，gDNA扩不出。。。

DNA昨晚已跑电泳，证实并未降解

发现一个很奇怪的现象，同样引物，条件，体系，cDNA能扩出来，gDNA扩不出。。。
QQ截图20151111152824.png
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1楼 2015-11-11 15:30:19
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草溪河

铁虫 (著名写手)
★
苯丙氨酸-PAL(金币+1): 谢谢参与
很正常，比如要是引物位于两个外显子间就不容易扩出来

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4楼2015-11-11 15:44:08
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我爱罗的风沙

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
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西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-11-12 21:51:20
楼主好。CDNA是纯净的DNA，1比1合适，要么P出要么P不出；gDNA有许许多多非特异性产物能和他匹配，能否P出来，与它的浓度以及你引物浓度比例也有关。所以CDNA能扩出不代表gDNA能扩出。楼主可以假象，1mol gDNA中只有0.1mol 相应的CDNA啦~
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13楼2015-11-12 00:18:08
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angelyou

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
是不是引物刚好是跨内含子的，就是所以在gDNA上就没有这段连续的序列可以配上
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23楼2015-11-12 21:56:23
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普通回帖

苯丙氨酸-PAL

银虫 (小有名气)
第2、3泳道是cDNA扩的，67泳道是DNA扩的
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2楼2015-11-11 15:31:31
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XuanyuanLand

银虫 (小有名气)
★
苯丙氨酸-PAL(金币+1): 谢谢参与
路过

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8楼2015-11-11 16:04:46
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shanyue00

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我也遇到这个现象。。。。

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14楼2015-11-12 00:21:58
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shanyue00

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 草溪河 at 2015-11-11 15:44:08
很正常，比如要是引物位于两个外显子间就不容易扩出来

可否详细说明一下为什么呢

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15楼2015-11-12 00:23:24
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~春梦秋云~

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
理论上可以p出，实际上情况有点麻烦，看你的基因大小，有的基因虽然cDNA只有1000-2000bp，gDNA可能有8000多。

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16楼2015-11-12 00:32:56
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苯丙氨酸-PAL

银虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 我爱罗的风沙 at 2015-11-12 00:18:08
楼主好。CDNA是纯净的DNA，1比1合适，要么P出要么P不出；gDNA有许许多多非特异性产物能和他匹配，能否P出来，与它的浓度以及你引物浓度比例也有关。所以CDNA能扩出不代表gDNA能扩出。楼主可以假象，1mol gDNA中只有 ...

大神啊那请问是不是增加引物浓度会有比较好的结果？
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17楼2015-11-12 10:20:43
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苯丙氨酸-PAL

银虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by shanyue00 at 2015-11-12 00:21:58
我也遇到这个现象。。。。

那请问你解决了吗
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18楼2015-11-12 10:21:11
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苯丙氨酸-PAL

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 草溪河 at 2015-11-11 15:44:08
很正常，比如要是引物位于两个外显子间就不容易扩出来

你是说内含子吗，DNA也含有内含子的吧。。。。。
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19楼2015-11-12 10:21:55
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shanyue00

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
18楼: Originally posted by 苯丙氨酸-PAL at 2015-11-12 10:21:11
那请问你解决了吗...

没有，不知道为啥，片段也不大，就是扩不出来

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20楼2015-11-12 10:32:01
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我爱罗的风沙

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
17楼: Originally posted by 苯丙氨酸-PAL at 2015-11-12 10:20:43
大神啊那请问是不是增加引物浓度会有比较好的结果？...

我给出如下建议：①PCR的时候拉一个温度梯度，如果能P出淡淡条带，楼主就可以适当增加退火温度，加强引物特异性。②看一下gDNA浓度是否很低，可以尝试增加模板浓度。你现在用的应该是1ul把？你可以增加到1.5-2ul。③重新设计引物。 这里引物浓度影响不会很大~
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21楼2015-11-12 11:18:15
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草溪河

铁虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
19楼: Originally posted by 苯丙氨酸-PAL at 2015-11-12 10:21:55
你是说内含子吗，DNA也含有内含子的吧。。。。。...

真核生物DNA有内含子。你的dna扩其他的核酸片段能扩出来吗？如果扩不出来，就要考虑DNA 质量。

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22楼2015-11-12 18:46:29
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苯丙氨酸-PAL

银虫 (小有名气)
引用回帖:
21楼: Originally posted by 我爱罗的风沙 at 2015-11-12 11:18:15
我给出如下建议：①PCR的时候拉一个温度梯度，如果能P出淡淡条带，楼主就可以适当增加退火温度，加强引物特异性。②看一下gDNA浓度是否很低，可以尝试增加模板浓度。你现在用的应该是1ul把？你可以增加到1.5-2ul。 ...

好的，学习了，谢谢
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24楼2015-11-17 16:55:54
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syhorchid3楼
2015-11-11 15:40   回复  
苯丙氨酸-PAL(金币+1): 谢谢参与
dmbb5楼
2015-11-11 15:57   回复  
苯丙氨酸-PAL(金币+1): 谢谢参与
tzynew6楼
2015-11-11 15:57   回复  
苯丙氨酸-PAL(金币+1): 谢谢参与
zhuguiqiu7楼
2015-11-11 15:59   回复  
苯丙氨酸-PAL(金币+1): 谢谢参与
哦
qqaoqq9楼
2015-11-11 16:05   回复  
苯丙氨酸-PAL(金币+1): 谢谢参与
ZloveA10楼
2015-11-11 16:05   回复  
苯丙氨酸-PAL(金币+1): 谢谢参与
祝福
fw_xiao11楼
2015-11-11 16:05   回复  
苯丙氨酸-PAL(金币+1): 谢谢参与
假大空12楼
2015-11-11 16:12   回复  
苯丙氨酸-PAL(金币+1): 谢谢参与
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