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背包旅客

新虫 (初入文坛)

[求助] 跪求Amber软件的MM-PBSA怎么进行能量分解?

本人使用Gromacs4.5.5版本进行的MD,然后用Amber软件的MM-PBSA计算小分子-蛋白复合物的结合自由能。但是现在我导师要求我计算一下残基的能量分解!可是我不会啊!,也不懂去哪找教程。。。看到虫友有说这个的,可是看不清楚。。。跪求各位大神帮忙!!!
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cuijiaxin

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
11楼: Originally posted by hdx1991 at 2015-11-15 12:16:05
我算过结合能,没进行能量分解

自由能分解 是只有amber11才能做吗
我amber12还有14  都做不了。   按教程上面的步骤操作也不行。怎么回事
14楼2016-01-20 17:30:06
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hdx1991

新虫 (著名写手)

2楼2015-11-09 12:22:48
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背包旅客

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hdx1991 at 2015-11-09 12:22:48
amber官网有教程

可以具体一点么???是Amber官网的MM-PBSA的教程吗?
3楼2015-11-09 15:02:41
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hdx1991

新虫 (著名写手)

进amber官网点击tuitor然后往下翻找他计算结合能的教程,教程的最后一步讲如何计算结和能用amber

发自小木虫Android客户端
4楼2015-11-09 16:43:32
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