应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Sybyl做对接时，是否需要天然晶体结构中的配体与此配体对接后的位置完全重合？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
101/1返回列表
查看: 1525  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

liuyanyanhx

新虫 (小有名气)

[交流] Sybyl做对接时，是否需要天然晶体结构中的配体与此配体对接后的位置完全重合？

sybyl所做对接后，如果想证明对接方法准确性，是否需要把天然配体对接进去以后的位置，与在晶体结构PDB中的位置完全重合，才能说明此对接方法可信？大家所认同的对接结构与晶体结构叠合后的RMSD值是否必须几近零才可以接受此对接方法？我附件中是天然结构中的配体与对接后的配体的叠合图，大家觉得这样的结果是否可以说明对接已经重现晶体结构？

Sybyl做对接时，是否需要天然晶体结构中的配体与此配体对接后的位置完全重合？
DBZWBPK3QZB3CGIS72`5]HH.png
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2015-11-02 21:54:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dmbb
★
liuyanyanhx(金币+2): 谢谢参与
2楼2015-11-02 21:57:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zwn400

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
liuyanyanhx: 金币+1 2015-11-03 08:36:27
用DS对接不方便些？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2015-11-02 22:06:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shenrenren
4楼2015-11-02 22:14:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ccblovelr
5楼2015-11-02 22:28:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gengxin60
祝福
6楼2015-11-02 22:45:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stl409
7楼2015-11-02 22:55:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuyanyanhx

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zwn400 at 2015-11-02 22:06:43
用DS对接不方便些？

现在已经用sybyl做了系列对接，所以有这个疑问，以验证所做对接是否合理。
赞一下 回复此楼
8楼2015-11-03 08:36:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zwn400

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
liuyanyanhx: 金币+1 2015-11-04 11:15:19
用薛定谔或GOLD对接好些

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
9楼2015-11-03 11:34:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lijdoc
10楼2015-11-03 11:49:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liuyanyanhx 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿太原理工安全工程300分，求调剂 +3 0857求调剂. 2026-03-24 3/150 2026-03-27 01:18 by 求知若渴lz
[考研] 286求调剂 +5 PolarBear11 2026-03-26 5/250 2026-03-26 23:59 by 运气yunqi
[考研] 一志愿华理，数一英一285求A区调剂 +8 AZMK 2026-03-25 10/500 2026-03-26 22:37 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿北化求调剂 +3 Jsman 2026-03-22 3/150 2026-03-26 21:06 by ajpv风雷
[考研] 081700 调剂 267分 +11 迷人的哈哈 2026-03-23 11/550 2026-03-26 15:41 by zzll406
[考研] 总分293求调剂 +6 加一一九 2026-03-25 8/400 2026-03-26 13:30 by yujianx
[考研] 一志愿中南大学化学学硕0703总分337求调剂 +7 niko- 2026-03-22 7/350 2026-03-25 20:14 by qingfeng258
[考研] 290分调剂求助 +3 吉祥止止陈 2026-03-25 3/150 2026-03-25 19:58 by barlinike
[考研] 生物技术与工程 +3 1294608413 2026-03-25 4/200 2026-03-25 18:02 by 1294608413
[考研] 招08考数学 +8 laoshidan 2026-03-20 17/850 2026-03-25 17:52 by 一个红太阳
[考研] 302求调剂 +4 锦衣卫藤椒 2026-03-25 4/200 2026-03-25 16:29 by 功夫疯狂
[考研] 284求调剂 +15 Zhao anqi 2026-03-22 15/750 2026-03-25 12:51 by wht0531
[考研] 285求调剂 +3 AZMK 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:23 by userper
[考研] 085600材料与化工调剂 +9 A-哆啦Z梦 2026-03-23 15/750 2026-03-25 11:18 by Ainin_
[考研] 300分，材料，求调剂，英一数二 +5 超赞的 2026-03-24 5/250 2026-03-24 21:07 by 星空星月
[考研] 277分求调剂，跨调材料 +3 考研调剂lxh 2026-03-24 3/150 2026-03-24 13:52 by JourneyLucky
[考研] 276求调剂。有半年电池和半年高分子实习经历 +9 材料学257求调剂 2026-03-23 10/500 2026-03-24 07:36 by wangy0907
[考研] 291求调剂 +5 孅華 2026-03-22 5/250 2026-03-23 09:20 by haoshis
[考研] 一志愿华中科技大学071000，求调剂 +4 沿岸有贝壳6 2026-03-21 4/200 2026-03-22 07:21 by ilovexiaobin
[考研] 南昌大学材料专硕311分求调剂 +6 77chaselx 2026-03-20 6/300 2026-03-21 07:24 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭