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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Sybyl做对接时，是否需要天然晶体结构中的配体与此配体对接后的位置完全重合？
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liuyanyanhx

新虫 (小有名气)

[交流] Sybyl做对接时，是否需要天然晶体结构中的配体与此配体对接后的位置完全重合？

sybyl所做对接后，如果想证明对接方法准确性，是否需要把天然配体对接进去以后的位置，与在晶体结构PDB中的位置完全重合，才能说明此对接方法可信？大家所认同的对接结构与晶体结构叠合后的RMSD值是否必须几近零才可以接受此对接方法？我附件中是天然结构中的配体与对接后的配体的叠合图，大家觉得这样的结果是否可以说明对接已经重现晶体结构？

Sybyl做对接时，是否需要天然晶体结构中的配体与此配体对接后的位置完全重合？
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1楼 2015-11-02 21:54:33
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dmbb
★
liuyanyanhx(金币+2): 谢谢参与
2楼2015-11-02 21:57:21
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zwn400

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
liuyanyanhx: 金币+1 2015-11-03 08:36:27
用DS对接不方便些？

发自小木虫Android客户端
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3楼2015-11-02 22:06:43
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shenrenren
4楼2015-11-02 22:14:38
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ccblovelr
5楼2015-11-02 22:28:35
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gengxin60
祝福
6楼2015-11-02 22:45:22
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stl409
7楼2015-11-02 22:55:38
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liuyanyanhx

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zwn400 at 2015-11-02 22:06:43
用DS对接不方便些？

现在已经用sybyl做了系列对接，所以有这个疑问，以验证所做对接是否合理。
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8楼2015-11-03 08:36:21
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zwn400

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
liuyanyanhx: 金币+1 2015-11-04 11:15:19
用薛定谔或GOLD对接好些

发自小木虫Android客户端
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9楼2015-11-03 11:34:09
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lijdoc
10楼2015-11-03 11:49:14
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