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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】悬赏求助关于用MS-CASTEP计算晶体结构！
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xiesanshao

木虫 (正式写手)

出来混，迟早要还的！记住！

[交流] 【求助】悬赏求助关于用MS-CASTEP计算晶体结构！

谁做过这类计算或懂这方面的东西，望不吝赐教！

看了文献报道（Nagaoka, M.; Ohta, Y.; Hitomi, H., Coordination Chemistry Reviews 2007, 251 (21-24), 2522-2536.）的运用castep模块计算配合物的电子结构以及吸附性能，我下载了个试了下发现如下问题：

1.castep计算配合物晶体结构这种周期性体系是不是要很多内存，我的体系大概是分子还有90个左右原子，每个原胞还有4个分子。每次不管怎么算都是Out of RAM for recip_beta_save in ion_beta_recip_set，我实在windows下做的计算用的ms4.3，我想问的是，是不是我的设置有问题（反正我按最小的那些值设的），如果添加内存能否解决问题，如果不能这种体系需要多大的计算性能（文献的计算参数附件
机子配置：core 2 E6300 2G DDR800 250g
2:castep在linux下的效率是不是远比windows高（如gaussian）。
3：如果我的还是这种体系是不是一定要用集群才能算，集群的话有什么要求！
4：如果有谁有条件能否帮我跑下这个任务！有兴趣的联系55479826@163.com，谢谢了！

[ Last edited by xiesanshao on 2008-9-11 at 11:28 ]
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天空的心，随风漂流！
1楼 2008-09-10 16:28:08
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hopingzmn

金虫 (知名作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xiesanshao(金币+5,VIP+0):谢谢，linux下是不是一定要两个机子，不能自己给自己提交？谢谢！
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
个人感觉你这个体系计算量很大，计算量通常和原子数的立方成正比
castep在linux下的效率比windows高，可以换个小型服务器试试，或者用集群，当然能够找到愿意合作的最好了
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淡定
2楼2008-09-10 17:38:39
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philonb

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
xiesanshao(金币+2,VIP+0):thank you，I have tried!
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
楼上说得对

但建议楼主可以先试试以下方法：
在job control里运行时间优化里选择memory，这样程序计算时比较节约内存，但是计算时间可能要稍微长些。
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3楼2008-09-10 17:54:47
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aylayl08

荣誉版主 (文坛精英)

至尊天蝎

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xiesanshao(金币+5,VIP+0):K点的设置是不是对内存占用很多！但我的分子是90多个原子，但每个单胞含很多原子，计算量按单胞算还是按分子的原子算？
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
90多的原子倒不是大到离谱，只要设置正确，体系合理，单机算感觉也可以，再加内存吧，4G看看行不？如果集群弄不到的话。
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珍惜拥有，快乐人生!欢迎光临计算模拟区(*^__^*)。。。。。。。。。。。。。。
4楼2008-09-10 20:43:52
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xjz816

木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
windows一般是32位的，支持最大内存3.2G，再大已经没有用了
建议用linux 64位系统或者集群
或者用dmol算试试，需要资源少点
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心是一切行为的根本，以什么心做事，最终就会成就什么样的人
5楼2008-09-10 23:53:30
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shalene

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
90*4, 体系太大了。需要的内存可以通过计算只包含一个分子的原胞来估算。
若是包含一些金属原子，lz的体系估计需要6-8G的内存
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6楼2008-09-11 09:14:40
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xiesanshao

木虫 (正式写手)

出来混，迟早要还的！记住！
顶下，高手再帮忙看看，金币送上，非常感谢！
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天空的心，随风漂流！
7楼2008-09-12 09:09:15
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wuli8

荣誉版主 (知名作家)

…………

优秀版主优秀版主
★ ★ ★ ★ ★
xiesanshao(金币+5,VIP+0):请问计算时间大概是多久，就是跑一个优化！最好能做明具体的精度和k点设置。
k点设置为中等即可，90个原子我跑过。你的计算机加个2G的内存，只要参数设置合理，应该可以的。
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…………
8楼2008-09-12 19:20:09
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wuli8

荣誉版主 (知名作家)

…………

优秀版主优秀版主
★ ★ ★ ★ ★ ★
xiesanshao(金币+5,VIP+0):那样设置加个内存就能跑是吧，大概需要多少的计算时间，谢谢了！
xiesanshao(金币+1,VIP+0):还有我刚按最小的跑，出现MPI Application rank 0 exited before MPI_Finalize() with status 1，是怎么回事啊，能继续算吗，我用的win-ms4.3！
精度和截断能用你文献上的就可以了，k点你可以选择“medium”选项，因为不同的体系k点的设置要求不同。
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…………
9楼2008-09-13 11:00:02
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wuli8

荣誉版主 (知名作家)

…………

优秀版主优秀版主
★ ★ ★ ★ ★
xiesanshao(金币+5,VIP+0):非常感谢！
4G内存，80个原子，k点选择“medium”选项。大约要6天左右。
MPI的提示，可能是你的并行出了问题。不建议使用4.3的版本。因为许多问题还不成熟。
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…………
10楼2008-09-13 12:34:10
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