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xiesanshao

木虫 (正式写手)

出来混,迟早要还的!记住!

[交流] 【求助】悬赏求助关于用MS-CASTEP计算晶体结构!

谁做过这类计算或懂这方面的东西,望不吝赐教!

看了文献报道(Nagaoka, M.; Ohta, Y.; Hitomi, H., Coordination Chemistry Reviews 2007, 251 (21-24), 2522-2536.)的运用castep模块计算配合物的电子结构以及吸附性能,我下载了个试了下发现如下问题:

1.castep计算配合物晶体结构这种周期性体系是不是要很多内存,我的体系大概是分子还有90个左右原子,每个原胞还有4个分子。每次不管怎么算都是Out of RAM for recip_beta_save in ion_beta_recip_set,我实在windows下做的计算用的ms4.3,我想问的是,是不是我的设置有问题(反正我按最小的那些值设的),如果添加内存能否解决问题,如果不能这种体系需要多大的计算性能(文献的计算参数附件
机子配置:core 2 E6300 2G DDR800 250g
2:castep在linux下的效率是不是远比windows高(如gaussian)。
3:如果我的还是这种体系是不是一定要用集群才能算,集群的话有什么要求!
4:如果有谁有条件能否帮我跑下这个任务!有兴趣的联系55479826@163.com,谢谢了!

[ Last edited by xiesanshao on 2008-9-11 at 11:28 ]
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wuli8

荣誉版主 (知名作家)

…………

优秀版主优秀版主

★ ★ ★ ★ ★
xiesanshao(金币+5,VIP+0):请问计算时间大概是多久,就是跑一个优化!最好能做明具体的精度和k点设置。
k点设置为中等即可,90个原子我跑过。你的计算机加个2G的内存,只要参数设置合理,应该可以的。
…………
8楼2008-09-12 19:20:09
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hopingzmn

金虫 (知名作家)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xiesanshao(金币+5,VIP+0):谢谢,linux下是不是一定要两个机子,不能自己给自己提交?谢谢!
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
个人感觉你这个体系计算量很大,计算量通常和原子数的立方成正比
castep在linux下的效率比windows高,可以换个小型服务器试试,或者用集群,当然能够找到愿意合作的最好了
淡定
2楼2008-09-10 17:38:39
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philonb

银虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
xiesanshao(金币+2,VIP+0):thank you,I have tried!
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
楼上说得对

但建议楼主可以先试试以下方法:
在job control里运行时间优化里选择memory,这样程序计算时比较节约内存,但是计算时间可能要稍微长些。
3楼2008-09-10 17:54:47
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aylayl08

荣誉版主 (文坛精英)

至尊天蝎

优秀版主

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xiesanshao(金币+5,VIP+0):K点的设置是不是对内存占用很多!但我的分子是90多个原子,但每个单胞含很多原子,计算量按单胞算还是按分子的原子算?
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
90多的原子倒不是大到离谱,只要设置正确,体系合理,单机算感觉也可以,再加内存吧,4G看看行不?如果集群弄不到的话。
珍惜拥有,快乐人生!欢迎光临计算模拟区(*^__^*)。。。。。。。。。。。。。。
4楼2008-09-10 20:43:52
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