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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】悬赏求助关于用MS-CASTEP计算晶体结构！
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xiesanshao

木虫 (正式写手)

出来混，迟早要还的！记住！

[交流] 【求助】悬赏求助关于用MS-CASTEP计算晶体结构！

谁做过这类计算或懂这方面的东西，望不吝赐教！

看了文献报道（Nagaoka, M.; Ohta, Y.; Hitomi, H., Coordination Chemistry Reviews 2007, 251 (21-24), 2522-2536.）的运用castep模块计算配合物的电子结构以及吸附性能，我下载了个试了下发现如下问题：

1.castep计算配合物晶体结构这种周期性体系是不是要很多内存，我的体系大概是分子还有90个左右原子，每个原胞还有4个分子。每次不管怎么算都是Out of RAM for recip_beta_save in ion_beta_recip_set，我实在windows下做的计算用的ms4.3，我想问的是，是不是我的设置有问题（反正我按最小的那些值设的），如果添加内存能否解决问题，如果不能这种体系需要多大的计算性能（文献的计算参数附件
机子配置：core 2 E6300 2G DDR800 250g
2:castep在linux下的效率是不是远比windows高（如gaussian）。
3：如果我的还是这种体系是不是一定要用集群才能算，集群的话有什么要求！
4：如果有谁有条件能否帮我跑下这个任务！有兴趣的联系55479826@163.com，谢谢了！

[ Last edited by xiesanshao on 2008-9-11 at 11:28 ]
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天空的心，随风漂流！
1楼 2008-09-10 16:28:08
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shalene

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
90*4, 体系太大了。需要的内存可以通过计算只包含一个分子的原胞来估算。
若是包含一些金属原子，lz的体系估计需要6-8G的内存
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6楼2008-09-11 09:14:40
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查看全部 10 个回答

hopingzmn

金虫 (知名作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xiesanshao(金币+5,VIP+0):谢谢，linux下是不是一定要两个机子，不能自己给自己提交？谢谢！
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
个人感觉你这个体系计算量很大，计算量通常和原子数的立方成正比
castep在linux下的效率比windows高，可以换个小型服务器试试，或者用集群，当然能够找到愿意合作的最好了
赞一下(20人) 回复此楼
淡定
2楼2008-09-10 17:38:39
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philonb

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
xiesanshao(金币+2,VIP+0):thank you，I have tried!
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
楼上说得对

但建议楼主可以先试试以下方法：
在job control里运行时间优化里选择memory，这样程序计算时比较节约内存，但是计算时间可能要稍微长些。
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3楼2008-09-10 17:54:47
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aylayl08

荣誉版主 (文坛精英)

至尊天蝎

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xiesanshao(金币+5,VIP+0):K点的设置是不是对内存占用很多！但我的分子是90多个原子，但每个单胞含很多原子，计算量按单胞算还是按分子的原子算？
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
90多的原子倒不是大到离谱，只要设置正确，体系合理，单机算感觉也可以，再加内存吧，4G看看行不？如果集群弄不到的话。
赞一下(19人) 回复此楼
珍惜拥有，快乐人生!欢迎光临计算模拟区(*^__^*)。。。。。。。。。。。。。。
4楼2008-09-10 20:43:52
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