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帅真帅真

新虫 (初入文坛)

[求助] [b]求助:做两个轨道的电子密度差图[/b]已有2人参与

看到了不少做差分密度图帖子,但都是激发态分子与基态分子整体的差。我想做两个轨道单独的电荷密度差图,不知道怎么做。求教各位大神~~~
比如说8→9轨道,这个图怎么做。先谢过各位
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

保存wfn文件或molden文件,复制两份,一个只保留轨道8,一个只保留轨道9,然后在multiwfn里相减
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
3楼2015-10-30 13:10:22
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ZJboy

木虫 (著名写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 帅真帅真 at 2015-11-02 08:47:56
是lumo

那就怪不得了。wfn不保存空轨道信息。
11楼2015-11-02 13:25:14
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普通回帖

帅真帅真

新虫 (初入文坛)

我是这样子的思路:用multiwfn算出8/9轨道的cub文件,然后放到高斯09里面去减。但是用multiwfn生成cub文件时会出现“input the orbital number,should within 1-8",然后9轨道的cub文件出不来,求助大神
2楼2015-10-30 11:21:20
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小范范1989

木虫 (著名写手)

multiwfn就可以,有相关的帖子可以看看。一搜就知道了
It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
4楼2015-10-30 14:21:36
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
帅真帅真: 金币+9, ★★★★★最佳答案 2015-11-02 08:51:59
是的,在multiwfn可以作MO之差,将fch文件输入multiwfn,删去其它MO,只保留MO8,存一个MO8.wfn。再将fch文件输入multiwfn,删去其它MO,只保留MO9,存一个MO9.wfn。最后进入multiwfn,作MO8.wfn与MO9.wfn之差。

但是,简单的两个MO相减通常是没有意义的。这时两个MO在分子中是各有取向的,是正交的,一相减,结果被减的MO的为正的电子云呈现,减去的MO为负的电子云呈现,这是没有意义的。
何况你的分子MO9似乎是LUMO,没有电子,如何让它与MO8相差?

当然,如果算了基态,再以这个坐标算激发态(激发了但是坐标还没有施豫),找到对应的MO相差求电子密度差还是有意义的。它可以看到激发态电子分布与基态电子分布的变化。

其实我也正在作MO的电子密度之差,关键是如何确定这些MO有对应关系,相差是有意义的。用它来说明什么问题。
5楼2015-10-30 14:57:06
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ZJboy

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
2楼: Originally posted by 帅真帅真 at 2015-10-30 11:21:20
我是这样子的思路:用multiwfn算出8/9轨道的cub文件,然后放到高斯09里面去减。但是用multiwfn生成cub文件时会出现“input the orbital number,should within 1-8",然后9轨道的cub文件出不来,求助大神

轨道9难道是LUMO?
6楼2015-10-30 16:25:54
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帅真帅真

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by beefly at 2015-10-30 13:10:22
保存wfn文件或molden文件,复制两份,一个只保留轨道8,一个只保留轨道9,然后在multiwfn里相减

谢谢
7楼2015-11-02 08:46:49
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帅真帅真

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by ZJboy at 2015-10-30 16:25:54
轨道9难道是LUMO?...

是lumo
8楼2015-11-02 08:47:56
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帅真帅真

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 小范范1989 at 2015-10-30 14:21:36
multiwfn就可以,有相关的帖子可以看看。一搜就知道了

谢谢
9楼2015-11-02 08:50:20
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帅真帅真

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by zhou2009 at 2015-10-30 14:57:06
是的,在multiwfn可以作MO之差,将fch文件输入multiwfn,删去其它MO,只保留MO8,存一个MO8.wfn。再将fch文件输入multiwfn,删去其它MO,只保留MO9,存一个MO9.wfn。最后进入multiwfn,作MO8.wfn与MO9.wfn之差。

...

亲,能不能给一个后者的具体操作步骤就是激发态的那个,拜托~~~
10楼2015-11-02 08:58:19
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