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帅真帅真

新虫 (初入文坛)

[求助] [b]求助:做两个轨道的电子密度差图[/b]已有2人参与

看到了不少做差分密度图帖子,但都是激发态分子与基态分子整体的差。我想做两个轨道单独的电荷密度差图,不知道怎么做。求教各位大神~~~
比如说8→9轨道,这个图怎么做。先谢过各位
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zhou2009

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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帅真帅真: 金币+9, ★★★★★最佳答案 2015-11-02 08:51:59
是的,在multiwfn可以作MO之差,将fch文件输入multiwfn,删去其它MO,只保留MO8,存一个MO8.wfn。再将fch文件输入multiwfn,删去其它MO,只保留MO9,存一个MO9.wfn。最后进入multiwfn,作MO8.wfn与MO9.wfn之差。

但是,简单的两个MO相减通常是没有意义的。这时两个MO在分子中是各有取向的,是正交的,一相减,结果被减的MO的为正的电子云呈现,减去的MO为负的电子云呈现,这是没有意义的。
何况你的分子MO9似乎是LUMO,没有电子,如何让它与MO8相差?

当然,如果算了基态,再以这个坐标算激发态(激发了但是坐标还没有施豫),找到对应的MO相差求电子密度差还是有意义的。它可以看到激发态电子分布与基态电子分布的变化。

其实我也正在作MO的电子密度之差,关键是如何确定这些MO有对应关系,相差是有意义的。用它来说明什么问题。
5楼2015-10-30 14:57:06
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zhou2009

版主 (著名写手)

引用回帖:
10楼: Originally posted by 帅真帅真 at 2015-11-02 08:58:19
亲,能不能给一个后者的具体操作步骤就是激发态的那个,拜托~~~...

优化计算分子M1,多重度为1,作为开壳层算基态,加关键词output=wfn,得M1.wfn。
用M1的分子坐标,计算你要求的激发态(多重度为2)的单点能,加关键词nosymm,得分子M2,得M2.wfn。

将M1.wfn文件输入multiwfn,删去其它MO,只保留MO8,存一个MO8.wfn。
再将M2.wfn文件输入multiwfn,删去其它MO,只保留MO9,存一个MO9.wfn。
最后进入multiwfn,作MO9.wfn与MO8.wfn电子密度差。
这个电子密度差可以看到从M1到激发态M2,电子分布发生了什么变化。
更进一步可以在multiwfn中,定量这个电子变化的数值。

当然激发态并不是这么简单地只是某个轨道电子的跃迁,这里只是简单计算例子而已。只是对应MO之电子密度差的算例而已。

特别注意:
GS09 A版本,M1.wfn文件输入multiwfn后,只出现占有电子的MO。Alpha电子MO排完再排Beta电子MO。
而GS09 D版本,会将全部空轨道也列入,使轨道几倍增长,难以辨识。
注意M1之MO8与M2之MO9的对应与辨认。
12楼2015-11-02 15:32:39
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