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踏雪无痕love

金虫 (正式写手)

[求助] 引物合成回来后,前后引物的Tm值相差将近9度,问PCR时退火温度该如何设定? 已有4人参与

如题,在此请教各位虫友,遇到这种情况该怎么办?
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seo.d_park

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建议你 用gradient 方法 测试 一下 引物 退火温度, 比如A 是56度 B是 65度 ,取4-6个温度点(56,58,60,62,64) ,cycle 首先 试试30周期, 如果某个温度点能有条带能观察到,再降低 周期数。

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2楼2015-10-27 08:16:00
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海里的淡水鱼

禁虫 (小有名气)

感谢参与,应助指数 +1
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3楼2015-10-27 08:16:26
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199006287956

木虫 (著名写手)

没有严格的规定说相差9度就不能跑出条带,最好是相差不多,退火温度50-65都可以,48度也行,48度以下的退火温度没有用过,本人习惯52-60度左右。本站有资料,下载自己看一下,设计引物稍微注意一下设计原则基本无碍。

发自小木虫Android客户端
追求不惜,奋斗不息
4楼2015-10-27 08:16:38
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hcf321283

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你可以尝试使用touch down反应程序把你的退火温度包含进去。
5楼2015-10-27 09:35:15
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天龙n部

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
其实,你做多了,这都不是问题,我都尝试过上游100度bp的引物,下游20度bp的引物还是可以很好P的。touch down PCR,巢式PCR等我个人认为是在模板高GC或者有高级结构时采用会比较好,其他普通PCR条件完全可以了,我引物退火温度从来不考虑,常年60度,简单模板从来没有出问题(5年经验)最后祝好运吧
6楼2015-10-28 15:29:25
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