应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 柔性残基选择依据
51/1返回列表
查看: 2614  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

sun183635

新虫 (初入文坛)

[求助] 柔性残基选择依据 已有2人参与

本人新手 想请教各位高手几个问题。ADT对接的时候怎么确定受体蛋白上哪个残基能作为柔性残基，这个选择有什么依据吗。还有就是gridbox的参数怎么设置，原则是什么。   求教
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2015-10-24 19:12:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
柔性残基设置在ADT里面是鸡肋，不行的考虑分子动力学吧
赞一下 回复此楼
7楼2015-10-26 14:42:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

aixintian

金虫 (著名写手)
如何选择柔性残基，决定你对小分子和蛋白活性位点的认识层度。一般选择起关键作用的残基，也就是与小分子结合时，自由能贡献最大，或者在机理上参入反应的残基。多看文献，找出关键残基。

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
人生是个解不开的迷
2楼2015-10-25 08:53:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sun183635

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by aixintian at 2015-10-25 08:53:39
如何选择柔性残基，决定你对小分子和蛋白活性位点的认识层度。一般选择起关键作用的残基，也就是与小分子结合时，自由能贡献最大，或者在机理上参入反应的残基。多看文献，找出关键残基。
...

怎么知道哪个残基自由能贡献最大啊，我是新手对这方面一点不了解，相关文献也没找见。麻烦您能教教我吗，那个蛋白是1h9z
赞一下 回复此楼
3楼2015-10-25 10:42:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aixintian

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by sun183635 at 2015-10-25 10:42:26
怎么知道哪个残基自由能贡献最大啊，我是新手对这方面一点不了解，相关文献也没找见。麻烦您能教教我吗，那个蛋白是1h9z...

残基自由能贡献最大，这个需要有深厚的文献调研和文献报道。如果没有报道这些信息，你可以看看文献或者pdb数据库中，小分子和蛋白接合的主要作用残基有哪些，这个一点会有。你看看图片，上面的一个胍氨酸肯定是个重要的残基，你在看看文献，会描述那些残基与小分子作用了。
柔性残基选择依据
1H9Z_MYR.png
赞一下 回复此楼
人生是个解不开的迷
4楼2015-10-25 11:19:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 4/200 2026-08-30 03:26 by ZPa0EcMwuECS
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 3/150 2026-08-30 01:58 by ZPa0EcMwuECS
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 01:49 by ZPa0EcMwuECS
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 01:45 by ZPa0EcMwuECS
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-30 01:14 by ZPa0EcMwuECS
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 01:14 by ZPa0EcMwuECS
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 01:12 by ZPa0EcMwuECS
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 10/500 2026-08-30 00:53 by ZPa0EcMwuECS
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-30 00:52 by ZPa0EcMwuECS
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-30 00:41 by ZPa0EcMwuECS
[基金申请] 面上意见出来了 +8 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 16/800 2026-08-29 20:45 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +5 gdd2018 2026-08-28 10/500 2026-08-29 14:10 by Jacob678
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 9/450 2026-08-29 09:59 by jklily
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭