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柔性残基选择依据 已有2人参与
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| 本人新手 想请教各位高手几个问题。ADT对接的时候怎么确定受体蛋白上哪个残基能作为柔性残基，这个选择有什么依据吗。还有就是gridbox的参数怎么设置，原则是什么。 求教 |
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如何选择柔性残基，决定你对小分子和蛋白活性位点的认识层度。一般选择起关键作用的残基，也就是与小分子结合时，自由能贡献最大，或者在机理上参入反应的残基。多看文献，找出关键残基。 发自小木虫IOS客户端 |
2楼2015-10-25 08:53:39
3楼2015-10-25 10:42:26
4楼2015-10-25 11:19:45
5楼2015-10-25 11:25:43
【答案】应助回帖
| 关于具体的蛋白结构1h9z，你可以同构数据库PDB，查找蛋白结构，见连接 http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1h9z 该连接下有一篇文章，你读一下就可以基本确定哪些是关键残基了，就可以在柔性对接中设定为柔性残基。 |
6楼2015-10-25 11:28:33
7楼2015-10-26 14:42:56