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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 柔性残基选择依据
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sun183635

新虫 (初入文坛)

[求助] 柔性残基选择依据 已有2人参与

本人新手 想请教各位高手几个问题。ADT对接的时候怎么确定受体蛋白上哪个残基能作为柔性残基，这个选择有什么依据吗。还有就是gridbox的参数怎么设置，原则是什么。   求教
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1楼 2015-10-24 19:12:32
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aixintian

金虫 (著名写手)
如何选择柔性残基，决定你对小分子和蛋白活性位点的认识层度。一般选择起关键作用的残基，也就是与小分子结合时，自由能贡献最大，或者在机理上参入反应的残基。多看文献，找出关键残基。

发自小木虫IOS客户端
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人生是个解不开的迷
2楼2015-10-25 08:53:39
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sun183635

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by aixintian at 2015-10-25 08:53:39
如何选择柔性残基，决定你对小分子和蛋白活性位点的认识层度。一般选择起关键作用的残基，也就是与小分子结合时，自由能贡献最大，或者在机理上参入反应的残基。多看文献，找出关键残基。
...

怎么知道哪个残基自由能贡献最大啊，我是新手对这方面一点不了解，相关文献也没找见。麻烦您能教教我吗，那个蛋白是1h9z
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3楼2015-10-25 10:42:26
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aixintian

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by sun183635 at 2015-10-25 10:42:26
怎么知道哪个残基自由能贡献最大啊，我是新手对这方面一点不了解，相关文献也没找见。麻烦您能教教我吗，那个蛋白是1h9z...

残基自由能贡献最大，这个需要有深厚的文献调研和文献报道。如果没有报道这些信息，你可以看看文献或者pdb数据库中，小分子和蛋白接合的主要作用残基有哪些，这个一点会有。你看看图片，上面的一个胍氨酸肯定是个重要的残基，你在看看文献，会描述那些残基与小分子作用了。
柔性残基选择依据
1H9Z_MYR.png
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人生是个解不开的迷
4楼2015-10-25 11:19:45
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aixintian

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

你在确定柔性残基的时候，多看看文献，文献一定会提出关键残基与小分子的作用。或者看看这类接合模式图，就可以了。其实，你如果不事先通过文献调研，把活性位点关键氨基酸和关键作用模式搞清楚，做了分子对接也是没有多大意义的。
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人生是个解不开的迷
5楼2015-10-25 11:25:43
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aixintian

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

关于具体的蛋白结构1h9z，你可以同构数据库PDB，查找蛋白结构，见连接 http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1h9z   该连接下有一篇文章，你读一下就可以基本确定哪些是关键残基了，就可以在柔性对接中设定为柔性残基。
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人生是个解不开的迷
6楼2015-10-25 11:28:33
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
柔性残基设置在ADT里面是鸡肋，不行的考虑分子动力学吧
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7楼2015-10-26 14:42:56
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