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牧神午后

铁虫 (初入文坛)

[求助] 急!PMD19T为载体,转化用大肠杆菌DH5a,提出来的质粒长度还到2000bp已有4人参与

最近在做定量PCR的实验,所以需要含有目的片段的质粒做标准曲线,然后问题就来了
我是以pMD19T为载体连接,目的片段长度是120bp,转化用大肠杆菌DH5a,挑取单克隆后做菌液PCR,是以M13-47和RV-M做为通用引物,扩增出的片段为250bp左右,测序也是对的,获得了阳性克隆,到这里都很正常;
之后我用相应的菌液质粒小提,提出来的质粒长度还到2000bp,要知道载体本身长2692bp,加上目的片段应该接近3000bp,反复提了几次都是2000的片段,以质粒为模板用目的基因的特异性引物扩增,反而能得到一条3000bp左右的模糊条带,但是并没有目标片段,这里值得一提的是我之前得到过3000bp的正确长度的质粒,特异引物也是正确的,因为这个基因的定量PCR我已经进行了一半了
求大神指点啊
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好吃,还能保持好身材的妹纸,才是会享受生活的妹纸
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tolobio

新虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
nono2009: 金币-10, 屏蔽内容, 违规存档, 禁止回帖广告 2015-10-25 10:00:05
本帖内容被屏蔽

2楼2015-10-23 11:09:07
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肥猫p

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
牧神午后: 金币+1, ★★★很有帮助 2015-10-26 09:52:21
是因为质粒超螺旋,电泳时候显得小了吧?
你试试单酶切质粒线性化,再电泳看看
3楼2015-10-23 12:35:51
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牧神午后

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by tolobio at 2015-10-23 11:09:07
应该是质粒重组了。做realtime的话,不需要克隆的吧。只要PCR产物来做,应该就可以了。需要的话,可以联系support@tolobio.com

是不需要克隆的,我只是做来看看有没有我想要的片段
好吃,还能保持好身材的妹纸,才是会享受生活的妹纸
4楼2015-10-23 14:53:52
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牧神午后

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 肥猫p at 2015-10-23 12:35:51
是因为质粒超螺旋,电泳时候显得小了吧?
你试试单酶切质粒线性化,再电泳看看

之前我做过这个片段的连接转化提质粒并没有这种情况出现,所以就很奇怪,那超螺旋之后就不能用特异引物扩增出片段了吗

酶切成线性的能用来做定量吗
好吃,还能保持好身材的妹纸,才是会享受生活的妹纸
5楼2015-10-23 14:58:46
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tolobio

新虫 (小有名气)


引用回帖:
4楼: Originally posted by 牧神午后 at 2015-10-23 14:53:52
是不需要克隆的,我只是做来看看有没有我想要的片段...

好的。
6楼2015-10-23 15:32:52
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品茗听雨0530

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
牧神午后: 金币+1, 有帮助 2015-10-26 09:52:00
质粒长度不能通过跑电泳确定,环状质粒电泳条带偏低。
7楼2015-10-25 22:05:06
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liping121200

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
牧神午后: 金币+2, ★★★很有帮助 2015-10-26 09:51:46
应该是质粒超螺旋变小了,我建议你做个酶切看看,就用你目的基因两端的酶切位点做个双酶切,跑个电泳,如果能切下来你的目的片段,就证明片段是连接在载体上,这么做比较可信。
好好学习,天天向上
8楼2015-10-26 08:55:29
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足下客

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

以质粒为模板,P不出你的目的产物来,确实是很奇怪。难道你连上去的片段丢失了?质粒构建啥都有可能。你这个构建的质粒转大肠杆菌传了好几代了吗?你以前提出来的正确大小的质粒有没有保存?最好是做下测序验证一下,你的目的片段还在不在这个质粒上,以免耽误你下面的实验。
9楼2015-10-27 16:55:49
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99蜗牛99

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by liping121200 at 2015-10-26 08:55:29
应该是质粒超螺旋变小了,我建议你做个酶切看看,就用你目的基因两端的酶切位点做个双酶切,跑个电泳,如果能切下来你的目的片段,就证明片段是连接在载体上,这么做比较可信。

我的是连接的质粒酶切后目的片段大小正确,空载体变小了,求指点,谢谢
10楼2015-12-30 10:57:42
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